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Site de la directive "Habitats, faune, flore"
Base de référence : Décembre 2023.
Mise à jour annuelle de la liste SIC - publication au JO UE : 02/02/2024 (à partir de la base : décembre 2022)
Type : B (pSIC/SIC/ZSC)
Code du site : FR4301294
Compilation : 30/11/1995
Mise à jour : 04/07/2014
Appelation du site : Moyenne Vallée du Doubs
Dates de désignation / classement :
| Classes d'habitats | Couverture |
|---|---|
| Forêts caducifoliées | 64% |
| Marais (vegetation de ceinture), Bas-marais, Tourbières, | 10% |
| Prairies semi-naturelles humides, Prairies mésophiles améliorées | 8% |
| Eaux douces intérieures (Eaux stagnantes, Eaux courantes) | 5% |
| Prairies ameliorées | 3% |
| Pelouses sèches, Steppes | 2% |
| Zones de plantations d'arbres (incluant les Vergers, Vignes, Dehesas) | 2% |
| Autres terres arables | 2% |
| Forêt artificielle en monoculture (ex: Plantations de peupliers ou d'Arbres exotiques) | 2% |
| Autres terres (incluant les Zones urbanisées et industrielles, Routes, Décharges, Mines) | 1% |
| Rochers intérieurs, Eboulis rocheux, Dunes intérieures, Neige ou glace permanente | 1% |
Bassin topographique d'une partie de la moyenne vallée du Doubs. La vallée alluviale d'assez faible extension latérale est dominée par des versants où les boisements constituent les parties hautes et les prairies les parties inférieures. Les falaises sont nombreuses.
Avec la Saône dont il est l'affluent principal, le Doubs est un des plus importants cours d'eau du centre-est de la France. Son histoire est mouvementée et sa vallée riche en activités humaines. Il naît sur le territoire de la commune de Mouthe, à 945 m d'altitude, d'une exsurgence au pied du massif boisé du Noirmont. 90 km à vol d'oiseau séparent la source de la confluence avec la Saône mais une série de plis montagneux occupe l'intervalle et a fortement accru la longueur de la rivière. Après un parcours montagnard plus ou moins encaissé, le Doubs change d'orientation et se dirige vers le sud-ouest. Il reçoit la Loue, son principal affluent en aval de Dole et gagne ensuite la plaine de la Saône dans laquelle il se jette à 180 m d'altitude après un parcours de 430 km et un dénivelé de 765 m. A l'amont de Besançon, depuis Baume-les-Dames (entre Hyèvre-Paroisse et Deluz), le Doubs emprunte une vallée relativement étroite (le lit majeur n'excède pas 500 m de large) bordée, au nord par les Avants-Monts et au sud par le Faisceau bisontin et le Lomont. Les versants pentus sont le plus souvent recouverts d'une forêt de feuillus entrecoupée de barres rocheuses et d'éboulis. Ils présentent une nette opposition du fait de l'orientation générale de la vallée. Ce paysage typique, constitué en grande partie d'habitats d'intérêt communautaire propices à de nombreuses espèces d'oiseaux remarquables, est celui qui prédomine jusqu'en aval sur Vaire-Arcier, Roche-lez-Beaupré, Chalezeule, Montfaucon puis vers Beure, Montferrand, Rancenay. Ces forêts de pentes, dominant quelques prairies humides, se retrouvent également sur les versants des vallées du Cusancin, de l'Audeux et du Sesserant, dans la partie amont et en rive gauche du site. L'exposition et la nature du substrat (roche calcaire, formations argileuses) conditionnent la venue de plusieurs types forestiers. - sur l'ubac, l'érablière à scolopendre souligne la base des falaises et les secteurs confinés sur éboulis grossiers. Elle côtoie la chênaie-charmaie calcicole* à érables, tilleuls et fougères et, sur des terrains mieux stabilisés, la chênaie-charmaie calcicole à hêtre et dentaire pennée, - sur l'adret, ces formations sont remplacées respectivement par la tiliaie-érablaie (éboulis grossiers sous barres rocheuses), la chênaie-charmaie calcicole thermophile* (éboulis plus stabilisés) et la chênaie-charmaie calcicole mésophile* typique à fraîche (bas de versant), - en haut de versant, les rebords de corniche ensoleillés sont occupés par la chênaie pubescente, groupement d'affinité méditerranéenne relativement rare dans la région. Plus en arrière sur le plateau, se développe la chênaie-charmaie, - des placages d'argile hébergent localement une chênaie-charmaie neutrophile* plus ou moins fraîche à hygrophile*. Elle assure le contact, en fond de vallée, avec les formations forestières hygrophiles inondables : l'aulnaie-frênaie sur alluvions en retrait des berges et la saulaie riveraine, souvent en mélange avec le peuplier qui souligne de façon plus ou moins continue les berges du Doubs. L'ensemble de ces formations forestières offre un grand nombre d'essences feuillues (érables sycomore, plane et champêtre, orme des montagnes, tilleul, chêne sessile, chêne pédonculé, chêne pubescent, charme, merisier, frêne, hêtre...), auquel fait écho une végétation arbustive et herbacée ainsi qu'une faune riche et diversifiée. Signalons la présence d'une mousse d'intérêt communautaire dans le bois d'Aglans (à la Vèze). Il s'agit du Dicrane vert. Corticole*, présent ici à la base des troncs de vieux hêtres, on le rencontre sur sols acidiclines, lorsque l'humidité atmosphérique est suffisante. Sa présence, originale en zone calcaire, est due à l'existence d'une zone de limons à chailles*. Avec la forêt, un certain nombre de milieux herbacés ont élu domicile sur les versants, les éboulis et les rebords de corniche bien exposés : pelouses xériques* à anthyllide des montagnes, pelouse thermophile à brome dressé et mélique ciliée, groupements d'éboulis... Le substrat calcaire, le sol superficiel, l'exposition chaude et l'absence totale de fertilisation permettent alors la venue, sur des superficies restreintes, d'une flore et d'une faune remarquables. Ces milieux sont bien présents sur la vallée du Doubs depuis Baume-les-Dames mais également sur Montfaucon et plus en aval. Les nombreuses falaises de la vallée permettent la nidification d'oiseaux typiques de ces milieux rupestres*. Parmi elles, le Faucon pèlerin compte au moins 10 couples sur le site (chiffres consolidés en 2016). Les cavités souterraines (grottes, anciennes mines) des massifs calcaires, les fortifications militaires et un important patrimoine bâti, abritent au moins 18 espèces protégées de chauves-souris dont 9 sont d'intérêt communautaire : - L’hôpital local de Baume les Dames, dont une partie a été nouvellement intégrée au site Natura 2000 de la moyenne vallée du Doubs, accueille une colonie reproductrice d’intérêt régional de Grand murin (au moins 300 individus) ; - La grotte inférieure Saint-Léonard, représente l’un des 2 sites d’hibernation majeur pour le Grand Rhinolophe sur le secteur de la vallée du Doubs (avec la mine de Froide-Oreille à Laissey) ; - La mine de Deluz accueille notamment en période hivernale, une des plus importantes populations de Barbastelle d’Europe avec près de 20 % des effectifs nationaux. De plus, la présence régulière d’une population hivernante de Minioptère de Schreibers regroupant plusieurs centaines d’individus est confirmée grâce au suivi régulier de ce site. Des échanges transfrontaliers pour cette espèce sont également confirmés avec l’observation récente d’individus bagués en Suisse ; - La grotte de Gonsans, abrite une population de Barbastelle d’Europe en période hivernale et joue vraisemblablement, au niveau du premier plateau, un rôle de cavité satellite pour la mine de Deluz. Au vu de la présence régulière de 5 autres espèces figurant à l’annexe II de la Directive Habitat-Faune-Flore, cette cavité présente un intérêt certains et s’inscrit dans une logique de réseau à la périphérie des gîtes principaux situés au cœur de la moyenne vallée du Doubs ; - La mine de Froide-Oreille à Laissey représente un site majeur en vallée du Doubs pour le Grand Rhinolophe avec près de 200 individus en hibernation et un effectif reproducteur de 40 à 50 individus en période de mise-bas. Cette mine est fréquentée toute l’année par 13 espèces et accueille au moins 7 espèces d’intérêt communautaire figurant à l’annexe II de la Directive Habitat-Faune-Flore. Outre son intérêt pour la reproduction du Grand Rhinolophe, ce site accueille une seconde colonie de mise-bas avec un effectif d’environ 30 femelles de Murin à oreilles échancrées. Une trentaine de Petit Rhinolophe y sont dénombrés en période hivernale. Les périodes estivales et de transit (printemps et automne) sont aussi marquées par la présence du Minioptères de Schreibers et du Murin de Daubenton. - Plusieurs fortifications militaires de la forêt bisontine de Chailluz, nouvellement intégrées au site Natura 2000 de la moyenne vallée du Doubs,accueillent une colonie reproductrice de Grand Rhinolophe (70 individus au Fort de la Dame Blanche) et des effectifs hivernaux notables (entre 30 et 50 individus). - Un souterrain de la Citadelle de Besançon, nouvellement intégré au site Natura 2000 de la moyenne vallée du Doubs, abrite une importante colonie de Grand Rhinolophe reproductrice avec une centaine d’individus. Si on ajoute les espèces observées dans d’autres habitats (foret, greniers, ponts, falaises) le nombre d’espèces qui fréquentent le site (tous statuts confondus – y compris migratrices occasionnelles-) grimpe à 26 dont 9 sont d'intérêt communautaire. Le Lynx est l'hôte régulier de ces massifs forestiers de pente difficiles d'accès et au caractère naturel très marqué. Le marais de Saône, abrite quant à lui différents insectes inféodés aux milieux humides et inscrits à la directive Habitats-Faune-Flore, tel que l'Agrion de mercure, une libellule, le Cuivré des marais, un papillon. Le Triton crêté et le Sonneur à ventre jaune, amphibiens d'intérêt européen, peuvent également y être rencontrés. Le Râle des genêts, oiseau emblématique des prairies humides, a été parfois observé jusqu’en 2007 dans les prairies humides entre Aglans et le Marais. Sa présence est aujourd’hui très incertaine. Le cours du Doubs est jalonné par l'arrivée de petites émergences du karst*, dont la fraîcheur de l'eau constitue un important tampon thermique et un facteur de diversité. Ces sources (auxquelles il faut ajouter les suintements tufeux de versants) abritent des espèces de mollusque méconnues, comme l’endémique et protégée Bythinelle de Besançon. La qualité de l'eau correspond, par ailleurs, aux objectifs fixés (classe 1B et 2). Les valeurs d'indice biologique sont les plus élevées de l'axe Montbéliard-Besançon et témoignent des potentialités écologiques originelles du cours d'eau. La rivière abrite 31 espèces de poissons dont 5 d'intérêt communautaire. Cet effectif est l'un des plus élevés du réseau hydrographique français. Le Toxostome est quasi absent sur le site, le Chabot est encore présent sur le Cusancin mais ses effectifs connaissent une baisse inquiétante, tandis que le Blageon est désormais absent du Doubs moyen et faiblement présent sur le Cusancin. Une autre espèce, la Bouvière, largement présente sur le Doubs, avec des populations probablement favorisées par la hausse des températures, est un excellent indicateur de la qualité de l'eau, son cycle de reproduction nécessitant la présence d'un mollusque filtreur (ponte des œufs dans la moule). Enfin, le Castor d’Europe est désormais installé sur les berges des forêts alluviales du site, poursuivant sa colonisation du Doubs moyen.
La nature karstique des plateaux entaillés par la rivière rend celle-ci très vulnérable aux effluents d'origine parfois lointaine et aux épandages de lisier. Les effectifs d'espèces telles que la Bouvière sont directement touchés par ces pollutions. Parmi les menaces, les points de vulnérabilités et les principaux enjeux ayant trait à la conservation des habitats naturels, de la faune et de la flore de la Moyenne Vallée du Doubs, il convient de retenir les suivants : - la stagnation ou la dégradation de la qualité des eaux. A ce titre, l'équipement de la ville de Baume-les-Dames est en cours, - l'enfrichement progressif des pelouses qui conduit à terme à la disparition de la faune et de la flore associées de la directive habitats, faune, flore, - la disparition des forêts de pente de la directive habitats et des secteurs fonctionnels de forêts sénescentes importants pour les habitats naturels et les espèces de la directive habitats, faune, flore (outils forestiers de planification existant, réserves forestières, allongement des cycles d'exploitation, mise en hors cadre, …), - la disparition des arbres à cavités et bois morts, - l'appauvrissement de diversité structurale et spécifique des peuplements autochtones, l'introduction d'essences allochtones, - la réduction des ripisylves, des forêts humides et des berges naturelles de cours d'eau qui sont des habitats prioritaires de l'annexe 2 de la directive habitats, faune, flore, - la disparition des milieux naturels non boisés inclus au sein des massifs forestiers (ruisseaux, mares, pelouses, corniches, thalwegs secs), - l'atteinte de l'intégrité physique et la qualité des cours eaux menacée par une gestion inappropriée, - la baisse de la qualité et la disparition des zones humides menacées par des altérations chimiques ou physiques (pollution d'origine industrielle, agricole, eaux de ruissellement des zones urbanisées ou des infrastructures linéaires y compris de manière accidentelle, remblaiement, drainage, …), - la dégradation des habitats tuffeux au niveau des seuils notamment. L’engouement pour la fréquentation sportive ou de loisir des grottes, induit des perturbations directes (sonores, visuelles par éclairement) pour les chauves-souris. Certaines cavités souterraines sont situées à proximité de lieu de balade touristique ou le long de sentiers de randonnée très fréquentés. La grotte Deschamps à Gonsans est visitée régulièrement. Elle est aussi utilisée comme grotte d’initiation par les spéléologues et est utilisée lors de journée nationale de la spéléologie avec des visites éclairées.
