Les gorges de la Jonte sont d'une grande richesse écologique et paysagère et abritent une faune et une flore particulièrement sensible. Les principales menaces susceptibles d'affecter directement ou indirectement les espèces présentes sont liées :
- à la fréquentation touristique, avec notamment un impact sur la reproduction des rapaces (escalade, via ferrata) ;
- à la création de pistes forestières ou DFCI permettant la pénétration humaine dans des secteurs auparavant préservés de tout dérangement (accroissant le risque d'incendies d'origine humaine) ;
- à l'exploitation forestière et plus particulièrement aux travaux de marquage ou de coupes susceptibles d'entraîner l'abandon des couvées ou des nichées de rapaces lorsqu'elles interviennent à proximité d'aires occupées ;
- à la pollution de l'eau et en général à la baisse de la qualité physico-chimique de la rivière la Jonte.
L'usage de pesticides est à proscrire pour limiter tout impact direct ou indirect sur les espèces animales. Dans le même sens, les traitements anti-parasitaires (vermifuges internes) des troupeaux pâturant sur les Causses devraient utiliser des produits les moins rémanents possibles afin de limiter leur impact sur l'entomofaune non cible (diptères, coprophages...), et donc sur les espèces insectivores (et notamment les chiroptères) et sur la microfaune des milieux aquatiques.
D'autre part, l'évolution des pratiques agricoles peut également avoir des répercussions sur l'évolution des milieux ouverts et semi-ouverts présents sur les flancs des causses (avec un impact indirect potentiel sur les espèces qui leur sont inféodées) et liés à une activité pastorale extensive.
Cette ZNIEFF est très partiellement en zone coeur du Parc National des Cévennes, elle-même classée en Réserve de Biosphère. Le site bénéficie donc d'un certain niveau de protection.
La ZNIEFF « Gorges de la Jonte » est située dans le Parc National des Cévennes à l'extrême sud-ouest de la Lozère, à cheval sur le département de l'Aveyron. Elle est constituée par le vaste ensemble de gorges creusées par la rivière de la Jonte entre le Causse Noir et le Causse Méjean. Le territoire concerné s'étend de Meyrueis en amont au Rozier en aval. Orienté est-ouest, il s'étend sur une longueur de 30 kilomètres environ et couvre une superficie de 2 583 hectares. L'altitude varie entre 400 et 1 000 mètres avec des dénivelés allant jusqu'à 500 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF est marqué :
- à l'amont, par les limites avec les zones habitées du village de Meyrueis et les thalwegs sur les versants ;
- à aval, par des lignes de crêtes et la route montant au rocher de Capluc depuis le Rozier ;
- au nord et au sud, par des lignes de crête et le rebord du causse, en s'appuyant parfois sur les routes, pistes et chemins.