L'intérêt écologique des étangs de la Narbonnaise au sein desquels se trouve les marais de Saint-Louis, est reconnu à travers divers classements dont les retombées portent notamment sur la protection et la gestion. En outre, quelques parcelles au nord de la ZNIEFF appartiennent au Conservatoire du Littoral, leur assurant ainsi une protection foncière pérenne.
Des actions de maintien de la structure paysagère et d'entretien des milieux (roselière notamment) sont entreprises : dans la partie nord, par le Centre Permanent d'Initiative à l'Environnement du Narbonnais (gestionnaire des terrains du Conservatoire du Littoral), et dans sa partie sud, par l'association départementale des chasseurs (gestionnaire de la réserve de chasse agréée) assurant par ailleurs une tranquillité de l'avifaune toute l'année.
Si l'activité d'élevage (pâturage extensif) concerne peu d'exploitants en nombre et superficie , sa pérennité a une importance considérable pour conserver une structure relativement ouverte, propice au développement du cortège herbacé associé et à la régénération des espèces typiques de ces habitats (éviter le surpâturage). Certains traitements du bétail par vermifuges ont des conséquences néfastes sur la faune coprophage et la chaîne alimentaire qu'il faudrait limiter. Il faudra veiller d'une manière générale à la qualité des eaux alimentant cette zone humide. Par ailleurs, les traitements mécaniques sur ce type de biotopes méritent d'être encadrés (calendriers d'intervention notamment).
La ZNIEFF des Marais de Saint Louis se situe au sud de la ville de Narbonne et à l'ouest du massif de la Clape. Elle fait partie du complexe lagunaire des étangs du Narbonnais et occupe la marge nord-est de l'étang de Bages-Sigean. Cette zone humide de 214 hectares se compose d'une grande roselière entourée d'une mosaïque de prairies humides plus ou moins salées. Le centre des marais accueille un domaine agricole, le Petit Castelou. Aux abords de la ZNIEFF, on distingue d'autres domaines agricoles et des manades. L'absence d'intervention humaine de type intensif, l'absence d'éléments de dégradation paysagère et les difficultés d'accès et de pénétration du milieu, ont permis à cet espace de conserver un caractère naturel dominant.
Le périmètre de la ZNIEFF est délimité à l'est par la voie ferrée et des roubines, à l'ouest et au sud par l'étang. Au nord, du lieu-dit « le Bikini «, la limite est marquée par le passage de la roselière aux parcelles de prés salés puis matérialisée par la roubine du Canélou. Les domaines du Grand Tournebelle, de Tournebelle-le-Neuf et du Grand Castelou sont exclus du périmètre.