Plusieurs outils de protection de la nature préservent le patrimoine de la ZNIEFF : réglementation imposée par le décret de création de réserve naturelle nationale, propriété du Conservatoire du Littoral depuis 2004, réseau Natura 2000.
L'interdiction de toute forme de circulation à l'intérieur de la réserve (à l'exception des véhicules nécessaires aux missions de service public notamment) permet de protéger à la fois la faune mais aussi la flore et les habitats.
Le plan de gestion de la réserve naturelle permet de mettre en oeuvre une gestion écologique optimale du site.
L'évolution naturelle du milieu n'est pas favorable à la conservation des espèces patrimoniales identifiées :
- la fermeture et l'uniformisation de la sansouires, ainsi que l'embroussaillement des fossés, surtout du côté des marais du Petit Bagnas ;
- le vieillissement et le dépérissement de la roselière dans certains secteurs de l'étang du Bagnas.
D'autres facteurs bien plus importants, d'origine anthropique menacent le site :
- le comblement de l'étang, des canaux et des fossés par l'apport de matière organique venant du ruissellement des terres agricoles, des zones urbaines et du canal du Midi ;
- la fréquentation estivale du site est intense, mais elle se focalise principalement sur la zone littorale. Elle induit la dégradation du système dunaire (piétinement de la végétation, arrachage des ganivelles, création de sentiers sauvages, dénaturation du paysage, incendies) et le dérangement de l'avifaune notamment nicheuse ;
- des pollutions chimiques par les produits phytosanitaires issues de pratiques agricoles intensives dans le bassin versant ;
- d'autres dégradations et perturbations d'origine anthropique non liées spécifiquement au tourisme et à l'agriculture, comme : des pollutions chimiques (huiles de moteur, détergents, batteries, piles), physiques (comblement des canaux et des fossés par des remblais), la circulation anarchique d'engins motorisés, la chasse (prélèvement, dérangement de la faune, manipulation d'ouvrages hydrauliques par exemple).
La préservation du patrimoine de la ZNIEFF passe par la mise en oeuvre des actions du plan de gestion et en particulier par :
- la mise en place d'une gestion hydraulique adaptée aux espèces de la flore, de la faune et des habitats, par la restauration notamment d'ouvrages hydrauliques dans le Grand Bagnas ;
- une gestion pastorale ou mécanique du Petit Bagnas permettant de maintenir les milieux de prairies et de prés salés ouverts ;
- la lutte contre les espèces envahissantes (une dizaine d'espèce végétales sont répertoriées) par la limitation voire l'élimination ;
- la lutte contre la pollution, en favorisant par exemple l'agriculture raisonnée.lpesôte
Les Etangs du Grand et du Petit Bagnas se situent au sud du littoral de Sète et du bassin de Thau. Ils occupent une vaste dépression constituant un ancien bras mort du fleuve Hérault. Le site repose majoritairement sur des dépôts sédimentaires fluvio-lacustres. Cette ZNIEFF correspond à une vaste zone humide de presque 700 hectares.
Elle est ceinturée par les stations balnéaires de Marseillan-Plage (est-sud-est) et du Cap d'Agde (sud-sud-ouest) ainsi que par les communes de Marseillan (nord-nord-est) et d'Agde (ouest). Elle est traversée en son centre par le canal du Midi, la route nationale 112 et une voie ferrée. Près d'une centaine d'ouvrages hydrauliques (martelières, vannes...) et de nombreuses infrastructures, certaines à l'abandon, (voie ferrée, pylônes et lignes EDF, ponts, maisons, hangars, chemins, affûts, cabanons pour l'élevage des anguilles...) sont présente au sein du périmètre de la ZNIEFF. Malgré une pression touristique importante et une anthropisation conséquente du secteur, elle s'inscrit dans un contexte naturel (ancien volcan du Mont St Loup, fleuve Hérault, étang de Thau). Aujourd'hui, le tourisme et l'agriculture constituent les bases de l'environnement socio-économique du site.
La ZNIEFF est aussi une Réserve Naturelle Nationale, gérée par une association, l'ADENA. Des parcours pédagogiques et des équipements sont installés dans le cadre du fonctionnement de cette réserve naturelle.
La ZNIEFF englobe le Domaine du Grand Bagnas, les Domaines du Petit et du Grand Clavelet, le Domaine du Petit Bagnas et le Gourg de Pairollet. Elle est précisément délimitée :
- au nord et au nord-ouest, par le lieu-dit « Les Mouillères « et les terres agricoles de St Michel qui sont incluses en partie ;
- à l'ouest, par la zone industrielle et les terres agricoles des Sept fonts ;
- au sud-ouest, par la route de Maraval, en contre bas des pentes du volcan « Mont St Loup « ;
- au sud, par la mer Méditerranée ;
- à l'est, par le Domaine des Onglous et le Gourg de Pairollet ;
- au nord-est, par un chemin communal.
Les limites correspondent partout à la transition des zones de marais ou de friches agricoles avec les zones de cultures ou urbanisées.