La ZNIEFF traverse une plaine agricole (essentiellement viticole) et se trouve à proximité de plusieurs villages. De nombreuses stations de pompage ou d'épuration (une dizaine en tout) sont implantées à proximité du périmètre. Le lit de la rivière a fait l'objet d'importantes extractions de matériaux (quelques anciennes gravières).
Toutes les espèces présentes dépendent directement du cours d'eau et/ou des ripisylves et de leur état de conservation.
Tout type de pollution (effluents agricoles, eaux usées des agglomérations alentour...), de modification de la dynamique de la rivière (seuils, aménagements hydro-électriques, captages, consolidation ou rectifications de berges, extraction de matériaux, apports de sédiments...) ou de travaux d'entretien/d'exploitation des zones riveraines (et notamment les coupes et le défrichage), peut constituer une menace pour le maintien des espèces et de leurs habitats.
La ZNIEFF « Rivière de l'Hérault de Gignac à Canet » est située au coeur du département de l'Hérault au nord-ouest de la ville de Montpellier. Elle est constituée d'un linéaire d'environ 16 kilomètres de la rivière de l'Hérault entre les communes de Gignac et de Canet. Ce territoire couvre une superficie de près de 320 hectares, compris entre 25 et 50 mètres d'altitude.
Le périmètre de la ZNIEFF comprend le lit mineur de la rivière et les zones humides riveraines (bras morts, prairies et ripisylves), entre la station de pompage de la Meuse au nord de Gignac (à côté du camping des Plantades) et la confluence avec la Dourbie en amont de Tressan.