Situé sur le faisceau de la faille des Cévennes, au pied du massif de la Séranne, le pays de Buèges offre de belles structures plissées (formes anticlinales redressées et faillées). La Buèges a incisé, du Néogène au Quaternaire, les marno-calcaires de l'Oxfordien et les dolomies et calcaires du Bathonien. Les différentes périodes d'incision (paléomorphologies), qui ont potentiellement réactivé les réseaux de failles, sont marquées par les phénomènes périglaciaires (gélifraction). Une incision de l'ordre de 40m / Ma sur les 3-4 derniers Ma a été évaluée pour le compartiment Sud du faisceau de faille des Cévennes.
Les pertes de la Buèges se répartissent sur environ 2 km entre St-Jean-de-Buèges et le pont de Vareilles. En basses eaux, l'écoulement aérien de la rivière est interrompue par des barrages de travertins d'ordre métrique. Ses eaux ressortent à la source des Cent Fonts, après un passage souterrain, dans la vallée de l'Hérault. En hautes eaux, la rivière ne se perd pas totalement et poursuit son cours vers le Nord-Ouest pour rejoindre l'Hérault.