Le bassin de Cerdagne est un bassin intra-montagneux en demi-graben, limité au Sud par la faille normale de la Têt. Elle réactive dans le bâti hercynien d'anciens accidents et forme les escarpements sur le flanc nord des massifs du Canigou-Carança-Puigmal marqués par des facettes triangulaires (faille bien visible à Llo). Cette faille est responsable de la surrection des massifs du Canigou-Carança-Puigmal et l'effondrement des bassins de Conflent et de la Cerdagne. Elle est active en faille normale depuis 28-30 Ma jusqu'au Miocène supérieur (très déformé).
Le remplissage du bassin est d'âge miocène supérieur. Les formations du Vallésien (Tortonien continental) présentent des faciès variés : faciès azoïques et torrentiels rougeâtres à ocre clair de Saillagouse et Nahuja-Osséjà, faciès fluvio-palustres vers les tuileries de Sainte-Léocadie avec passées ligniteuses (visibles dans la coupe du carrefour N116-route de Nahuja, faciès lacustres et ligniteux d'Estavar contenant des débris de mammifères (proboscidiens, rhinocéros, canidés, hyènes, rongeurs) surmontés par des faciès à gastéropodes lacustres. Le bassin de Cerdagne contient aussi des macroflores foliaires et des microflores polliniques qui témoignent de milieux chauds et humides situés à plus basse altitude qu'actuellement. La série sédimentaire se poursuit en Cerdagne espagnole par un Turolien (Messinien continental) détritique, alimenté par la bordure S active (faille de la Têt-Cerdagne) du bassin et daté par micromammifères entre 6 et 6.5 Ma
Dans les argiles messiniennes à lignites exploitées à Das, Prats, Sampsor et Sanavastre, ont été décrits des fossiles (dents d'hipparion gracile, des mollusques, insectes et batraciens). Le site paléontologique d'Estavar est aujourd'hui inaccessible et invisible.
Le fond de la cuvette montre des nappes alluviales fluvio-glaciaires que le Sègre et ses affluents découpent en terrasse. Les glaciers quaternaires ont laissé des moraines terminales sur toute la bordure N du bassin (Carol, Angoustrine, Mont-Louis)