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Majoritairement occupé par des chênaies-charmaies et des peuplements mixtes feuillus-résineux, le massif sud-est est toutefois ponctué de nombreuses zones humides (bois marécageux, landes para-tourbeuses, mares, rigoles…) favorisées par un réseau hydrographique essentiellement représenté par la Rabette et l’Aulne. Elles sont particulièrement bien développées autour de Clairefontaine. De grande valeur écologique, cet ensemble fortement hétérogène abrite bon nombre d’espèces végétales rares du point de vue régional, comme la Lobélie brûlante, la Fougère des marais, le Maïenthème à deux feuilles, la Linaigrette à feuille étroites ou encore le Peucédan des marais. Ces zones permettent également le développement d’une entomofaune variée, dont la Leucorrhine à gros thorax, la grande aeschne, la Decticelle des bruyères.
Sur les zones les plus hautes et les plus sèches, des formations sableuses non moins intéressantes viennent renforcer l’intérêt écologique du massif. Cet écosystème peu représenté à l’échelle régional demeure indispensable au maintien d’espèces rares à très rares comme l’Harpale jaunissant, coléoptère sabulicole dont deux stations seulement sont connues régionalement ; le Bembex à rostre, la Decticelle carroyée ou encore le Criquet des pins.
Le peuplement piscicole patrimonial est essentiellement représenté par la Lamproie de Planer ainsi que par la Truite fario.
Ainsi, le périmètre en question regroupe 12 Znieff de type I.
Par ailleurs, le massif affiche de grandes superficies boisées particulièrement favorables à la présence de nombreuses espèces d’oiseaux caractéristiques des faciès vieillis, tels que le Pic noir et le Pic mar, bien représentés, le Faucon hobereau, la Bondrée apivore, le Rougequeue à front-blanc, la Bécasse des bois, particulièrement concentrée dans les zones de taillis sous-futaie, sans omettre le très rare Autour des palombes (1 à 2 couples), qui recherche les zones les moins perturbées.
Contacté de manière plus irrégulière, le Torcol fourmilier stationnera davantage dans les zones de lisières, également fréquentées par la Huppe fasciée. Les régénérations forestières sont quant à elles propices au maintien de l’Engoulevent d’Europe, l’Alouette lulu (rare) mais aussi la Fauvette pitchou, contactée uniquement au bois de Rochefort.
Enfin, parmi les mammifères, citons le putois, bien répandu sur me massif et favorisé par les zones humides, la martre, également bien représentée ainsi que le blaireau, localisé sur les bordures. Concernant les Chiroptères, nous citerons le Murin de Bechtein, hivernant dans le périmètre.
Signalons enfin que le rattachement à cette entité des bois de Bullion/Ronqueux, inclus de fait un vaste ensemble de prairies sur lesquelles depuis quelques années se reproduisent entre 1 et 3 couples de Chouettes chevêches ainsi que la Pie-grièche écorcheur.
La délimitation proposée reprend de façon plus précise les contours de la Znieff de première génération, en calant les limites, quand cela est possible, sur le tracé des chemins ou des cours d'eau, voire de certaines routes.L'ensemble des contours forestiers du massif a été suivi, avec une limite au nord sur la RD 906, puis sur la RN10 vers Rambouillet. Les parties urbanisées situées en limite de Znieff ont été exclues, par contre certains bourgs situés au cœur du Massif en situation de clairière (Clairefontaine-en-Yvelines) ou en fond de vallées plus ouverte (La Celle-les-Bordes, Bullion) ont été maintenus.
A noter que les bois de Bullion (Forêt Départementale de Ronqueux, Bois Départemental de Noncienne et Bois d'Haumont) ont été intégrés dans cette Znieff de type II :cette extension s'est faite en englobant les anciennes Znieff de type II "Vallée de L'aulne" et "Friches sur l'Etang". L'ensemble des cours d'eau de la Rabette et de l’Aulne se trouve ainsi contenu dans ce périmètre. Tout le secteur de Bullion / La Celle-les-Bordes, dont les boisements peuvent apparaitre un peu déconnectés, constituent en fait des zones très importantes de regroupement d'une grande partie de la population de Cerf élaphe du Massif Sud-Est de la Forêt de Rambouillet.
