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La basse vallée de l'Yonne forme une vaste plaine inondable intégrant le tronçon seine-et-marnais de l'Yonne, jusqu'à sa confluence avec la Seine au niveau de Montereau-Fault-Yonne.
L'intérêt de cet espace réside dans la vaste entité écologique qu'il forme:composé d'une succession de milieux naturels, reliés entre-eux par un réseau de corridors écologiques, cette vallée de l'Yonne accueille une diversité floristique et faunistique remarquable.
Elle abrite notamment des zones humides, milieux d’une extrême diversité et productivité biologique, hébergeant de nombreuses espèces spécialisées et parfois exceptionnelles. Outre cette fonctionnalité, ces zones humides jouent un rôle fondamental pour le recueil et l’autoépuration des eaux, la réalimentation des cours d’eau et des nappes phréatiques, ou bien encore la prévention des inondations.
La znieff intègre de nombreux plans d'eau issus de l'exploitation de granulats, dont certains ont pu bénéficier d'un réaménagement écologique. Situés sur un axe migratoire, ils accueillent de nombreuses espèces d'oiseaux en période de halte, favorisent leurs hivernation (anatidés), ou encore facilitent la reproduction de certaines espèces d'oiseaux. Ainsi, un site comme la réserve ornithologique du Carreau Franc accueille annuellement une importante colonie de Mouette rieuse avec quelques Mouettes mélanocéphales, plusieurs couples de Nettes rousses, de Fuligules morillons, ainsi que de nombreux canards hivernants.
La znieff intègre l'ensemble de la vallée jusqu'à sa confluence avec la Seine. Elle essaie d'inclure tous les secteurs d’intérêt écologique et les milieux connexes qui jouent un rôle reconnu in situ auprès de la faune. Elle est limitée au sud par la ligne de TGV et intègre au nord les site de la vallée comprenant l'ensemble des espaces et espèces remarquables.
