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Au cœur du plateau calcaire de la montagne Châtillonnaise, dominé par des grands massifs boisés, le site englobe un secteur forestier et une petite vallée d’un grand intérêt patrimonial. Ils présentent une grande diversité d’habitats et d’espèces végétales et animales typiques de cette région naturelle. C'est à ce titre l'un des secteurs les plus riches du Châtillonnais.
1/ Les habitats forestiers sont variés et revêtent pour certains un intérêt européen comme :
- la hêtraie sur sol calcaire à Carex alba,
- la hêtraie de ravin froid à Dentaire pennée (Cardamine heptaphylla), espèce déterminante pour l’inventaire ZNIEFF.
On y trouve entre autre la Pivoine mâle (Paeonia mascula), rarissime et protégée règlementairement.
Le reste du plateau est couvert de chênaie-charmaie calcicole et de peuplements résineux.
Ces milieux sont intéressants pour la faune, avec entre autres :
- la Bacchante (Lopinga achine) et le Damier du Frêne (Euphydryas maturna), deux papillons inscrits au livre rouge de la faune menacé de France,
- le Sonneur à ventre jaune (Bombina variegata), amphibien d'intérêt européen qui se reproduit dans les ornières,
- la Cigogne noire (Ciconia nigra), oiseau protégé règlementairement et très rare en Bourgogne qui nécessite des zones calmes pour nidifier,
- le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), chauve-souris d'intérêt européen dont une colonie de mise-bas a été répertoriée en bâtiment. Les territoires de chasses favorables correspondent aux massifs boisés et à leurs annexes : coupes, clairières, dessertes forestières, etc.
2/ Associées aux milieux forestiers, des clairières présentent une végétation de pelouses sèches, d’ourlets herbacés sur sols calcaires et localement d'éboulis calcaires. Ces zones sont riches d'une flore à tonalité montagnarde dont certaines espèces protégées réglementairement; on y trouve notamment :
- le Sabot de vénus (Cypripedium calceolus), orchidée d’intérêt européen protégée règlementairement,
- le Buphtalme à feuilles de saule (Buphtalmum salicifolium), d'intérêt régional,
- le Chardon décapité (Cardus defloratus), protégée règlementairement,
- la Céphalanthe rouge (Cephalanthera rubra), d'intérêt régional,
- la Daphne camélée (Daphne cneorum), protégée règlementairement,
- la Gymnadénie odorante (Gymnadenia odoratissima), d'intérêt régional,
- l'Iberis intermediaire (Iberis intermedia), protégée règlementairement.
3/ Le Val des Choues constitue une zone originale au milieu du massif calcaire; il présente une grande diversité d’habitats frais à humides.
Les systèmes d’étangs présentent des saulaie marécageuses, des roselières à phragmites et des cariçaies à Carex riparia ainsi que des herbiers aquatiques à petits et grands potamots. Ils hébergent des espèces aquatiques rares en Bourgogne, à l'image de la la Pesse d’eau (Hippuris vulgaris).
Les ruisseaux abritent entre autres le Chabot (Cottus gobbio) et la Truite commune (Salmo trutta); ils sont bordés par des aulnaies-frênaies rivulaires.
Enfin, des sources alimentent des bas-marais diversifiés avec :
- des bas-marais à Marisque (Cladium mariscus), espèce déterminante pour l'inventaire ZNIEFF,
- des prairies maigres et humides sur sols calcaires,
- des bas-marais tuffeux à choins (Schoenus sp.) et laîches (Carex sp.).
Cet ensemble écologique abrite des plantes rares voire protégées comme :
- la Ligulaire de Sibérie (Ligularia sibirica), qui présente ici une population importante et unique en Bourgogne (l’une de rares populations de cette espèce en plaine en France).
- des schoins (Schoin noirâtre [Schoenus nigricans] et Schoin ferrugineux [Schoenus ferrugineus]),
- la Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe) ,
- l’Epipactis des marais (Epipactis palustris),
- la Swertie des marais (Swertia perennis).
Plusieurs espèces remarquables de faune y assurent également leur cycle de vie comme :
- l'Agrion de mercure (Coenagrion mercuriale) et le Cordulégastre bidenté (Cordulegaster bidentatus), deux libellules déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF,
- le Damier de la Succise (Euphydryas aurinia), papillon d'intérêt européen protégé règlementairement.
Ce patrimoine dépend :
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes tels les lisières, les clairières et pelouses ou marais, les cours d'eau, etc.,
- du maintien de pratiques agricoles extensives, respectueuses des milieux prairiaux remarquables, des cours d'eau et des ripisylves,
- d'une gestion extensive des plans d'eau, sans enrochements des berges.
Il convient de maintenir le régime hydraulique des cours d'eau, sans seuils ni enrochement des berges et en respectant les ripisylves, ainsi que de ne pas drainer les prairies.
Des pelouses et des marais en déprise sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux ouverts. Une restauration (débroussaillage) et un entretien (pâturage, fauche) permettraient de contrecarrer cette évolution.
Le périmètre est délimité par la partie est du massif de la forêt domaniale de Chatillon-sur-Seine, de part et d'autre du Val des Choues.
A l'est, la vallée de la Digeanne et ses prairies marque la limite de la zone. La transition entre la hêtraie sèche et la chênaie-charmaie calcicole délimite la zone à l'ouest.
