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Au sein du paysage boisé et cultivé des collines calcaires de cette partie de la Montagne châtillonnaise, la Combe aux Loups, présente une grande diversité d'habitats (boisements, étangs, marais) d’intérêt européen et d'espèces de faune et de flore d’intérêt régional.
Au niveau forestier, ont été observées :
- une hêtraie sèche sur sols riches en calcaire sur les versants orientés au sud, d'intérêt européen,
- une hêtraie sur sols neutres sur les autres versants, d'intérêt européen,
- une chênaie-frênaie, d'intérêt régional, en situation de fonds de vallon sur des sols plus profonds.
Un bas-marais alcalin, habitat d'intérêt européen, abrite de nombreuses espèces végétales déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF avec :
- le Choin ferrugineux (Schoenus ferrugineus), plante des marais, très rare en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au Livre rouge de la flore menacée de France,
- la Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe), plante des prairies humides et des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Swertie pérenne (Swertia perennis), plante montagnarde des marais, rarissime en Bourgogne et protégée réglementairement,
- l'Epipactis des marais (Epipactis palustris), orchidée des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement.
Par ailleurs, en queue d'étang se trouve la plus importante station connue d'Ecuelle d’eau (Hydrocotyle vulgaris) au sein du Châtillonnais, ainsi que le Troscart des marais (Triglochin palustre), plante des bas-marais, en forte régression suite à la disparition de ses milieux de développement et exceptionnelle en Bourgogne.
Le Cordulégastre bidenté (Cordulegaster bidentata) a été observé au niveau du marais tufeux. Cette libellule est menacée en France par la destruction de son habitat.
Ce site est également favorable à l'alimentation de la Cigogne noire (Ciconia nigra).
Ce patrimoine dépend essentiellement d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les cours d'eau et zones humides annexes.
Les zones de marais sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux tourbeux ouverts. Une restauration (débroussaillage) et un entretien (pâturage, fauche) permettraient de contrecarrer cette évolution. Il convient également d'éviter de perturber le fonctionnement hydrologique (drainage, création de plans d’eau, plantations de peupliers) de la ZNIEFF.
La zone englobe la tête de vallon au sud du bourg de Beneuvre et intègre ainsi diverses zones humides dans un environnement forestier.
