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Au sud-est du Charolais cristallin (au contact la Côte maconnaise), le site comprend le col du Bois clair et les hauts reliefs escarpés voisins. Prairies bocagères, boisements de feuillus et de résineux ainsi que friches se partagent l’espace. Géologiquement variée, la zone présente des calcaires jurassiques et des granites affleurant sur sa partie sud-est, tandis que la partie ouest est assise sur les terrains volcanosédimentaires et les grès du trias.
Ce site présente un intérêt régional pour sa faune, mais aussi pour sa flore.
Le tunnel du Bois clair accueille une importante colonie d’hibernation composée principalement de trois espèces; il s'agit :
- du Grand Murin (Myotis myotis),
- de la Barbastelle (Barbastellus barbastella),
- du Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum).
Il est également l'un des rares sites à accueillir le Rhinolophe euryale (Rhinolophus euryale). Le Grand Murin (Myotis myotis) s'y reproduit en masse.
Si la ZNIEFF a constitué jusqu'à récemment un site majeur d'hibernation pour ces espèces, les aménagements effectués (et la fréquentation qu'ils ont engendrés) ont contribué à faire chuter de manière drastique leurs effectifs.
En raison de sa géologie, le site présente également des milieux d’intérêt régional tels que :
- des sources,
- des prairies humides à Jonc acutiflore (Juncus acutiflorus),
- des landes sèches à Callune (Calluna vulgaris) et Genêt ailé (Genista sagittalis),
- des pelouses sèches sur sols calcaires,
- des pelouses sèches à vivaces ou annuelles sur sols acides,
- des prairies de fauche bocagères à Colchique d’automne (Colchicum autumnale),
- des ourlets herbacés chauds et secs sur sols calcaires ou acides,
- de la chênaie-charmaie faiblement acide sur sols humides.
Cet ensemble de milieux très variés accueille des plantes déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec entre autres:
- la Coronille faux-sené (Hippocrepis emerus), arbuste protégé réglementairement,
- le Doronic panthère (Doronicum pardalianche), plante rarissime en Bourgogne,
- le Genêt d’Angleterre (Genista anglica), petit arbuste très rare en Bourgogne.
Ce patrimoine naturel dépend de pratiques forestières adaptées aux conditions stationnelles et privilégiant les peuplements feuillus diversifiés; la mise en oeuvre d'une agriculture extensive est également importante.
Le rétablissement du patrimoine chiroptérologique de cette ZNIEFF dépend de la mise en œuvre ou non d'une limitation de la fréquentation du site. Le dérangement peut en effet provoquer le réveil des chauves-souris ; la surconsommation de leurs réserves d'énergie compromet sérieusement leur survie en période hivernale.
Le périmètre de cette ZNIEFF inclut la cavité ainsi que les terrains de chasse favorables (prés, haies, forêt) alentours. Les habitats des autres espèces rares et déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF (Chevêche d'Athena [Athene noctua], Torcol fourmillier [Jynx torquilla]; Petit-duc Scops [Otus scops]) sontaussi pris en considération.
