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La Bèze creuse une vallée peu profonde dans les marnes de l’Ere tertiaire au nord de la plaine de Saône.
Malgré un contexte fortement dégradé où les territoires cultivés dominent, ce secteur de vallée dans lequel quelques zones boisées et de prairies subsistent présente un patrimoine floristique riche.
Ce site est l'un des plus intéressants de la Plaine de Saône pour sa flore des cours d'eau.
Une espèce végétale exceptionnelle en Bourgogne et dont la Bèze rassemble les quatre populations connues, l’Oenanthe des fleuves (Oenanthe fluviatilis), y a été recensée.
La rivière accueille par ailleurs de très beaux herbiers aquatiques, habitats d'intérêt régional, diversifiés et couvrant de grandes surfaces, avec plusieurs plantes déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF telles :
- la Pesse d'eau (Hippuris vulgaris), espèce rarissime en Bourgogne,
- le Potamot dense (Groenlandia densa),
- la Lentille d'eau à trois sillons (Lemna trisulca),
- la Renoncule des rivières (Ranunculus fluitans).
Sur les bords ou à proximité du cours d'eau, notamment dans les quelques prairies humides et cariçaies relictuelles, ont été observées quatre autres espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF:
- le Seneçon des marais (Jacobaea paludosa),
- le Paturin des marais (Poa palustris),
- le Sélin à feuilles de carvi (Selinum carvifolia),
- le Pigamon jaune (Thalictrum flavum).
Une roselière abrite par ailleurs la Fougère des marais (Thelypteris palustris), espèce protégée réglementairement et rarissime en Bourgogne.
Ce patrimoine naturel dépend du maintien des habitats boisés et prairiaux relictuels, mais aussi de la qualité des eaux qui pourrait se dégrader avec une intensification plus importante des territoires cultivés au sein de la vallée et en amont.
Le périmètre est essentiellement délimité par le cours de la rivière avec localement des parcelles attenantes de prairies ou de boisements frais. Une bande de quelques mètres a été prise de par et d'autre de la rivière lorsqu'elle traverse des cultures. Un vallon latéral boisé est intégré.
