Cette ZNIEFF, située au coeur de la Flandre, borde l’Yser, ainsi qu’un de ses affluents : la Sale Becque. L’Yser est un petit fleuve des collines de Flandre intérieure, dont l’ancien cours méandreux a été rectifié. Le fleuve, bordé d’une végétation arbustive irrégulière et de quelques vieux saules blancs taillés en têtards, a généré une vallée bocagère étroite, de 100 à 200 mètres de large, mais lorsque l’Yser atteint la frontière, la vallée s’élargit nettement, en même temps qu’elle s’établit sur les dépôts flandriens de la plaine maritime. Cette ZNIEFF constitue l’extrémité amont des vastes prairies humides de la plaine de l’Yser.
Les Prairies humides de Wormhout représentent une sorte d’îlot bocager au milieu de la plaine flamande intensément cultivée et artificialisée. Des mares sont issues du recalibrage de l’Yser et occupent l’ancien cours du fleuve. Quelques haies arbustives et vieux saules disséminés ferment ce paysage verdoyant cerné par des champs.
Comme la ZNIEFF "Prairies humides de Bambecque et la petite Becque" et "Vallée de l'Yser entre la frontière et le pont d'Houtkerque", bien que différentes dans leur structure et leurs végétations, les prairies humides de Wormhout constituent un des derniers vestiges alluviaux de Flandre intérieure. La dégradation du patrimoine végétal y est cependant plus avancée que sur ces dernières. L’eutrophisation est généralisée et l’emploi d’herbicides antidicotylédones a fait disparaître l’essentiel de la flore typique des plaines alluviales. C’est à ce niveau du cours de l’Yser que la rectification de la rivière est la plus marquée. En conséquence, le creusement du lit a asséché certaines prairies. C'est pourquoi on ne retrouve plus que quatre plantes déterminantes de ZNIEFF : l'Oenanthe fistuleuse (Oenanthe fistulosa), l'Achillée sternutatoire (Achillea ptarmica subsp. ptarmica) dans les prairies et la Renoncule peltée (Ranunculus peltatus) ou la Renoncule aquatique (Ranunculus aquatilis) dans les mares.Le milieu bocager humide permet la présence de plusieurs espèces d'oiseaux nicheuses et d'insectes déterminantes de ZNIEFF. Certaines sont inféodées aux prairies humides, comme le Criquet marginé (Chorthippus albomarginatus subsp. albomarginatus) et le Vanneau huppé (Vanellus vanellus), pour qui les prairies grasses pâturées représentent un habitat de reproduction optimal, ou dans une certaine mesure le Tadorne de Belon (Tadorna tadorna), qui apprécie les mares prairiales. D'autres espèces sont inféodées aux haies arbustives qui délimitent ces prairies, comme la Fauvette grisette (Sylvia communis) et le Pouillot fitis (Phylloscopus trochilus). Enfin le Bruant jaune (Emberiza citrinella) est une espèce caractéristique de la mosaique bocagère que ces différents milieux constituent.
Au sein de ce paysage dominé par le paturage intensif, la protection des mares contre le bétail par des clôtures favorise en outre la présence d'herbiers aquatiques et d'une bande de végétation palustre autour de celles-ci, importante pour de nombreuses espèces d'insectes et d'amphibiens. On peut ainsi citer parmi ces espèces le Leste sauvage (Lestes barbarus) et la Coccidule tachetée (Coccidula scutellata).
Cette ZNIEFF est constituée de deux ensembles disjoints de prairies alluviales situées dans la vallée de l’Yser, entre le lieu-dit "le Pont de Wylder" et la Sale Becque (commune de Wormhout).
En 2010, le périmètre a été étendu au Sud-Est afin d’intégrer la portion aval du vallon de la Sale Becque [présence de l’Achillée sternutatoire (Achillea ptarmica), aux potentialités analogues à celles de la réserve naturelle régionale du Vallon de la Petite Becque] et au Nord-Ouest, afin d’intégrer quelques mares prairiales herbergeant des herbiers aquatiques (Nymphaeion albae, Ranunculion aquatilis) et la Renoncule aquatique (Ranunculus aquatilis), espèce et habitats pour partie déterminants de ZNIEFF dans le Nord - Pas-de-Calais.
En 2021, une parcelle cultivée en rive sud de la Sale Becque a été exclue du périmètre.
L'ensemble du lit majeur de la vallée (principalement les prairies) est proposé en ZNIEFF de type 2 : Vallée de l'Yser de Wylder à la frontière belge (310030124)