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COMMENTAIRE GENERAL
De Dampierre à Dole, la vallée du Doubs a fait l’objet d’aménagements conséquents : creusement du canal Freycinet, enrochement des berges, remblaiement d’annexes alluviales, mise en culture du champ d’inondation, arasement de haies et bosquets. Toutefois, la partie aval, un peu moins artificialisée, présente encore une grande variété d’écosystèmes (berges avec des faciès d'érosion-sédimentation, îles, gravières et vasières, ripisylves, prairies, mortes, mares, falaise) qui ont pu se maintenir grâce à la préservation de la dynamique naturelle de la rivière.
Bien qu'elles aient largement régressé dans la vallée du Doubs, les prairies mésophiles (assez sèches) fauchées ou pâturées occupent encore la majeure partie de ce tronçon. Une végétation aquatique (flottante ou immergée) et amphibie (roselières hautes ou basses) se développe dans les mortes et les anses calmes de la rivière (ou « cornes »). A l’étiage, plusieurs groupements pionniers originaux, souvent à caractère nitrophile, apparaissent sur les substrats sablo-vaseux ou sur les bancs de sable et de graviers émergés temporairement. Les formations ligneuses (forêts riveraines très relictuelles, saulaies arborescentes à saule blanc, saulaies basses à saule gris) restent peu étendues.
La flore comprend nombre d’espèces peu communes, comme la lentille d’eau à trois lobes, le faux-nénuphar, le potamot à feuilles obtuses, ainsi que le butome en ombelle, l’hottonie des marais et la naïade marine (ces trois dernières étant protégées dans la région). Par ailleurs, les falaises de Rochefort et d’Audelange hébergent une végétation des milieux secs, comprenant le trèfle strié (également protégé), le brome des toits et plusieurs espèces d’orobanche.
Les vastes surfaces herbacées, comme la corne des Epiciers, constituent des lieux d’accueil privilégiés pour une avifaune migratrice ou nicheuse liée aux zones humides. Certains oiseaux sont strictement inféodés à des habitats particuliers : grandes roselières pour la rousserole turdoïde, rives et bancs graveleux pour le chevalier guignette, berges érodées abruptes pour l’hirondelle de rivage. Le harle bièvre, quant à lui, est un canard cavernicole. Parmi les reptiles et amphibiens, on retiendra la présence de la couleuvre vipérine et du crapaud sonneur à ventre jaune. Enfin, les prairies régulièrement inondables et les mortes connectées avec le cours principal sont des milieux indispensables à la reproduction du brochet, espèce devenue rare dans le secteur.
Bien que des progrès aient été réalisés en matière de résorption de pollution, la qualité de l'eau reste médiocre. Ainsi, d'importants développements algaux témoignent de phénomènes d'eutrophisation.
STATUT DE PROTECTION
Aucune protection réglementaire de l’espace n’a été mise en place. En revanche, la présence d’espèces protégées confère indirectement un statut de protection au milieu : la législation interdit en effet de porter atteinte aux espèces et aux milieux qui les supportent (arrêtés ministériels des 8/12/88, 22/06/92, 23/04/07 et 29/10/09).
OBJECTIFS DE PRESERVATION
Bien que certaines espèces emblématiques aient disparu de ce site (blongios nain, loutre), cette section du Doubs conserve toujours un intérêt élevé, dont le maintien est absolument indissociable du respect de la dynamique fluviale et de la protection de tous les milieux ainsi générés. De ce fait, la préservation de tous les secteurs non artificialisés est un enjeu majeur. Il convient donc de proscrire toute artificialisation supplémentaire (voire de renaturer les portions de berge enrochées), de restaurer les mortes et les zones de frayères et de contrôler la qualité physico-chimique et biologique des eaux. La préservation des milieux naturels riverains passe par le respect du cortège spontané des boisements alluviaux, le maintien de la vocation prairiale de la vallée (absence de plantation, reconversion en herbe des cultures les plus proches du cours d’eau) et la promotion de pratiques agricoles extensives (diminution d'intrants, retard de fauche).
