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Vallée assez encaissée et présentant une situation géographique particulière, elle se situe dans la zone climatique la plus chaude de l'Anjou. Le niveau d'ensoleillement y est élevé et les précipitations plus faibles que la moyenne. Elle présente également une géologie variée : roches volcaniques, calcaires primaires.
Il en résulte une grande richesse botanique avec une flore originale et diversifiée (une dizaine d'espèces en limite d'aire) et la pénétration en massif armoricain d'espèces calcicoles et thermophiles d'un grand intérêt.
L'entomofaune y est tout aussi remarquable avec de nombreuses espèces à affinité méditerranéenne.
Intérêt piscicole avec une espèce à l'Annexe 2 de la directive HFF.
La délimitation de la vallée du Layon et vallons affluents s'appuie sur des critères topographiques. Les milieux naturels se situent en fond de vallée et sur les versants ou coteaux. Au delà, zones cultivées, carrières et vignobles dominent.
L'ensemble de la vallée constitue un formidable corridor écologique et les relations sont nombreuses entre les divers écosystèmes.
