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Ensemble de zones lagunaires arrière-littorales, prairies halophiles et prés salés à Jonc maritime pâturés, en lien avec une zone d'estran à herbiers de zostères et un reposoir de marée haute (limicoles).
Intérêt ornithologique :
Secteur d'importance régionale ou nationale pour la nidification des laro-limicoles (sternes pierregarin et caugek, mouette mélanocéphale, Avocette, Chevalier gambette, Vanneau...). Les travaux effectués au début des années 2000 ont rendu le site bien plus favorable aux colonies de sternidés et laridés qu'auparavant. Il s'agit désormais du plus gros site de nidification pour les mouettes et sternes de la région.
Site de nidification pour la Gorgebleue à miroir blanc de la sous-espèce "namnetum" (taxon endémique), et pour le Pipit farlouse, en nette régression dans le marais breton, et pour lequel il s'agit ici d'un des derniers bastions.
Les zones lagunaires du polder constituent l'un des plus importants reposoirs de marée haute de la baie de Bourgneuf (en lien avec la Réserve Naturelle des Marais de Müllembourg et la lagune de Bouin), à l'abri des hautes mers de vive eau (milliers de limicoles migrateurs et hivernants).
La zone d'estran qui borde le polder constitue un secteur très important d'alimentation des bernaches cravants et canards siffleurs hivernants et migrateurs (principaux herbiers de zostères de la baie de Bourgneuf). L'anse du Gois accueille plusieurs milliers de limicoles à marée haute.
Intérêt mammalogique :
Présence de la Loutre (considérée comme quasi-menacée en Europe et vulnérable en Pays de la Loire) et du Campagnol amphibie (considéré comme vulnérable au niveau mondial et quasi menacé en France, prioritaire en Pays de la Loire).
Intérêt botanique :
Végétation halophile encore bien diversifiée floristiquement avec de nombreuses espèces caractéristiques (une trentaine d'espèces figure dans les listes rouges nationale ou régionales). Les travaux récents (début des années 2000) et la gestion hydraulique permettent d'observer la zonation phytocoenotique des secteurs halophiles. Développement de faciès plurispécifiques à Juncus maritimus.
L'herbier à Zostera marina en situation" continentale" tout à fait atypique ("trou de Sébastopol", en arrière des digues) est très original.
La saisie d'un certain nombre d'espèces non déterminantes (en particulier pour les très nombreux invertébrés identifiés sur le site et pour la flore, notamment les bryophytes mais aussi les vertébrés) reste à effectuer.
Le périmètre proposé comprend :
-le polder de Sébastopol à proprement parler (Réserve Naturelle Régionale),constitué du marais littoral endigué, limité à l'est par la mer et à l'ouest par les terres hautes cultivées.
- une extension en arrière du polder, dans les secteurs des Gâtines et de Pelfrey, en raison de la nidification de nombreux passereaux nicheurs (Pipit farlouse, Gorgebleue à miroir, Fauvette grisette, Bruant proyer), de busards des roseaux et cendré. Cette partie non comprise dans la RNR contient aussi des habitats à Scirpe maritime, Chenopodium chenopodioides, avec une présence potentielle du Leste à grands stigmas, de la loutre, du campagnol amphibie.
- une extension sur le domaine maritime : l'estran permet d'associer les herbiers de zostère naine, zone importante de nourrissage des bernaches, des canards siffleurs et des limicoles en hivernage ou migration ; l'anse du Gois accueille à chaque marée haute plusieurs milliers de limicoles qui fréquentent aussi le polder en fonction des coefficients de marée (entité fonctionnelle pour les oiseaux).
