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Cette partie de la vallée de l'Yon est la seule à présenter un aussi fort dénivelé (15 mètres entre Boutet et le Gué Besson) et un vallon aussi encaissé. La présence de chaussées d'anciens moulins à eau ajoute au caractère pittoresque de la vallée. Ces éléments historiques et géomorphologiques font que ce secteur est l'un des plus riches de la vallée de l'Yon en aval de La Roche sur Yon. On y trouve une alternance de coteaux boisés à chênaie acidiphile, de landes sèches et de prairies humides. La vallée assure ici pleinement son rôle de corridor écologique.
Une partie de la vallée de la Baffardière a été achetée par le Département au titre des Espaces Naturels Sensibles. Cette propriété abrite l'une des plus importante station de Chrysosplenium oppositifolium du département et une petite station d'Isopyre faux pygamon (Isopyrum thalictroides), protégée au niveau régional.
L'Osmonde royale, fougère dont les prélèvements sont réglementés, se retrouve en plusieurs endroits de la vallée.
Loutre, Genette, Martin Pêcheur, Bergeronnette des ruisseaux utilisent les deux vallées, de même que plusieurs espèces de Chauves-souris. Les 2 ponts du lieu-dit "Le Gué Besson", au sud de la zone, sont favorables à la reproduction de celles-ci. L'un est en pierre (à conserver en l'état), l'autre, de plus grande envergure, présente des joints de dilatation où se reproduisent des murins à moustache.
Par rapport à la délimitation de 1993, le périmètre a ètè étendu :
- en amont pour intégrer les station d'Osmonde royale.
- en aval pour intégrer les ponts à Chiroptères.
Une délimitation à la parcelle reste à faire, mais globalement le périmètre inclut les côteaux et le lit de l'Yon et de la Baffardière.
