La ZNIEFF de l'Estuaire de l'Horn et des Dunes de Théven comprend :
- l'estuaire sablo-vaseux de la rivière l'Horn, qui s'étend depuis Pont Bihan jusqu'à la limite des plus basses eaux au Nord de la Pointe de Theven. L'amont de l'estuaire est occupé par une végétation de prés-salés atlantiques : le pré salé du schorre moyen dominé par l'obione faux-pourpier au niveau de Cantel, et plus en amont presque jusqu'à Pont-Bihan la prairie haute à chiendent littoral des niveaux supérieurs atteints par la marée. Une petite unité à soude maritime annuelle des bas niveaux existe en avancée sur la rive droite de l'estuaire. La spartine des anglais présente ponctuellement ne forme pas de faciès. L'estuaire nu est émaillé de quelques blocs de rochers à l'affleurement en rive gauche du lit de l'Horn à marée basse.
Ce petit ensemble estuarien saumâtre typique de la côte Nord-Bretagne est un lieu d'hivernage significatif, compte tenu des effectifs régulièrement comptés, pour au moins 2 espèces déterminantes de limicoles: le Grand Gravelot et le Bécasseau sanderling. D'autres limicoles fréquentent la bande côtière de Roscoff-Santec et passent dans le site.
L'Aigrette garzette niche en limite de zone, dans la forêt domaniale de Santec (10-12 couples en 2004).
- le site de la Pointe de Theven - Pen an Dour / Toull an Ouc'h étroitement en contact avec la marge Sud-Ouest de l'estuaire est un site archéologique et une propriété du Département du Finistère sur plus de 21 hectares. Près de 16 ha de ce site sont intégrés dans la ZNIEFF et contiennent une falaise littorale basse à l'interface entre l'estuaire de l'Horn et les placages sableux de la pointe, et un petit massif dunaire faisant face à l'anse du Guillec du coté Ouest de la Pointe de Theven avec une dune mobile à oyat et une dune fixée plus ou moins herbeuse parsemée de fourrés à prunelliers. Sur cette côte et la dune, 7 espèces végétales remarquables sont répertoriées dont 2 plantes protégées : l'une au plan national, le sérapias à petites fleurs (Serapias parviflora) présente en fort effectif, l'autre au plan régional, le chardon bleu des dunes (Eryngium maritimum), 3 plantes menacées de la Liste rouge armoricaine : la blackstonie perfoliée, la bugrane renversée et l'ophrys abeille, et 2 plantes soumises à réglementation dont l'immortelle des sables (Helichrysum stoechas) dont le prélèvement est interdit dans le département du Finistère par l'arrêté préfectoral du 27 juin 1991, et qui se trouve pratiquement sur sa limite Nord de répartition (qui est la dune de Santec à proximité).
Le Bruant proyer a probablement niché sur les dunes de Théven en 2004 (1 couple).
Les éléments dunaires se trouvant à Kerbrat, en bordure Sud de l'estuaire, sont partiellement dégradés et devraient être mieux protégés des véhicules et des personnes pour l'accès à la plage. Des dépôts sauvages, dont des objets et matériaux non dégradables, existent sur Santec près de Pont Bihan.
Espèces déterminantes présentes sur le site (non reconnu dans la base de donnée):
BLACKSTONIA PERFOLIATA subsp. PERFOLIATA
Autres espèces présentes sur le site:
ACHILLEA MILLEFOLIUM
AGROSTIS STOLONIFERA
ALLIUM SPHAEROCEPHALUM
AMMOPHILA ARENARIA
ANACAMPTIS PYRAMIDALIS
ANTHYLLIS VULNERARIA S.L.
APIUM GRAVEOLENS
APIUM NODIFLORUM
ARMERIA MARITIMA
ARTEMISIA VULGARIS
ASPARAGUS OFFICINALIS
ASTER TRIPOLIUM
ATRIPLEX HASTATA
ATRIPLEX LACINIATA
BETA VULGARIS subsp. MARITIMA
BRASSICA NIGRA
CAKILE MARITIMA
CALYSTEGIA SEPIUM
CAREX ARENARIA
CAREX FLACCA subsp. FLACCA
CENTAURIUM ERYTHREA S.L.
COCHLEARIA ANGLICA
CONVOLVULUS ARVENSIS
CREPIS CAPILLARIS S.L.
CUSCUTA EPITHYMUM subsp. EPYTHYMUM
CYPERUS LONGUS S.L.
DACTYLIS GLOMERATA
DAUCUS CAROTA
ELYMUS FARCTUS
ELYMUS PYCNANTHUS
ELYMUS REPENS
EPILOBIUM HIRSUTUM
ERODIUM CICUTARIUM
EUPHORBIA PORTLANDICA
FESTUCA ARUNDINACEA
FESTUCA RUBRA subsp. LITTORALIS
FOENICULUM VULGARE
GALIUM APARINE
GALIUM ARENARIUM
GALIUM MOLLUGO
GALIUM PALUSTRE
GERANIUM MOLLE
GLAUX MARITIMA
HALIMIONE PORTULACOIDES
HERACLEUM SPHONDYLIUM
HORDEUM MURINUM S.L.
HYPOCHAERIS RADICATA
JUNCUS GERARDI
JUNCUS MARITIMUS
LAGURUS OVATUS
LATHYRUS APHACA
LAVATERA ARBOREA
LIGUSTRUM VULGARE
LINARIA VULGARIS
LINARIA REPENS
LOTUS CORNICULATUS
MATRICARIA MARITIMA subsp. MARITIMA
MEDICAGO SATIVA
OENANTHE CROCATA
ONONIS REPENS
ORCHIS MORIO
ORIGANUM VULGARE
PARAPHOLIS STRIGOSA
PARIETARIA DIFFUSA
PHALARIS ARUNDINACEA
PLANTAGO CORONOPUS
PLANTAGO LANCEOLATA
PLANTAGO MARITIMA
POA ANNUA
POTENTILLA REPTANS
PRUNUS SPINOSA
PUCCINELLIA MARITIMA
PULICARIA DYSENTERICA
ROSA PIMPINELLIFOLIA
RUBUS FRUTICOSUS
RUMEX CRISPUS
SALSOLA KALI
SAMBUCUS NIGRA
SCIRPUS MARITIMUS
SEDUM ACRE
SENECIO JACOBAEA
SILENE ALBA subsp. ALBA
SILENE DIOICA
SONCHUS ARVENSIS
SPARTINA ANGLICA
SPERGULARIA MARINA
SPERGULARIA MEDIA
SPERGULARIA RUPICOLA
SPIRANTHES SPIRALIS
STACHYS PALUSTRIS
SUAEDA MARITIMA
THESIUM HUMIFUSUM
TRIFOLIUM CAMPESTRE
TRIFOLIUM OCCIDENTALE
TRIFOLIUM REPENS
TRIGLOCHIN MARITIMA
ULEX EUROPAEUS
URTICA DIOICA
VERBASCUM NIGRUM
VERBENA OFFICINALIS
VICIA HIRSUTA
EQUISETUM ARVENSE
PTERIDIUM AQUILINUM
ARENARIA INTERPRESS
CALIDRIS ALPINA
CALIDRIS CANUTUS
CHARADRIUS ALEXANDRINUS
CIRCUS CYANEUS
EGRETTA GARZETTA
HAEMATOPUS OSTRALEGUS
LIMOSA LAPPONICA
NUMENIUS ARQUATA
PLUVIALIS SQUATAROLA
SYLVIA UNDATA
TRINGA NEBULARIA
TRINGA TOTANUS
La zone est bordée au Nord par la ZNIEFF des Dunes de Santec. L'estuaire de l'Horn s'étend jusqu'à la pointe de Theven, et est au contact direct d'un petit massif dunaire intéressant qui se développe depuis la pointe, seul secteur de dunes de la commune de Plougoulm et espace protégé du Département, il est logiquement intégré à la ZNIEFF.