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Descriptif synthétique : grande baie formée par la Rivière de Morlaix (produit de la réunion à Morlaix des principales rivières le Jarlot et le Queffleuth) et des rivières le Dourduff et la Pennélé au niveau de l’estuaire. La marée basse découvre de vastes surfaces de slikke, le schorre n’occupant qu’une place marginale, surtout dans la partie maritime du Dourduff et de la Pennelé. Il existe plusieurs cordons de galets et de débris coquilliers vers l’anse de Térénez, à Mez ar Sant sur Plouézoc’h, et à Locquénolé. Les vallées très encaissées du Dourduff et de la Pennelé portent des bois feuillus anciens, inscrits dans la ZNIEFF II «Baie de Morlaix».
Milieux principaux : slikke, îlots rocheux, prés-salés, bois de pente et fourré à prunellier, cordons de galets, dépôts coquilliers, bonnes étendues d’herbier à zostère marine (au niveau de Térénez et au sud de Stérec et de l'île Noire).
Espèces remarquables - Flore : présence en bordure immédiate de l’estuaire de deux espèces végétales protégées en France : l’arroche à long pédoncule (Atriplex longipes) découvert en 2004 en plusieurs points du littoral de la Manche et pour la première fois dans le Finistère dans cette zone (près de la confluence de la Pennélé avec la Rivière de Morlaix), et le chou marin (Crambe maritima) signalé sur le cordon de Locquénolé en 2006 ; ainsi que d’une espèce protégée en Bretagne - quand elle est jugée indigène ou bien naturalisée : l’arbousier (Arbutus unedo). Trois autres plantes déterminantes pour la ZNIEFF sont également signalées dans ou en bordure d’estuaire, dont la zostère naine (Zostera noltii) qui occupe plusieurs points de la vasière.
- Faune : Oiseaux : zone de grande importance pour l’hivernage des limicoles (Bécasseau variable, Huîtrier pie, Tournepierre à collier, Chevalier gambette, barges, courlis, etc.) et des anatidés (bernaches, tadornes, harles), l’estuaire de la Rivière de Morlaix offre une importante zone d’alimentation à marée basse, des lieux de regroupement (particulièrement entre Locquénolé et le Dourduff) et plusieurs reposoirs à marée haute.
Poissons : zones de passage pour le saumon atlantique, la lamproie marine et l'anguille, et d'alimentation pour l'anguille, 31 espèces estuariennes ou pélagiques ont été recensées précisément dans cette zone en 2007 (source n° 54).
Conditions actuelles de conservation : l'estuaire reçoit des eaux chargées en nitrates et les effluents de la ville de Morlaix. Mais la qualité biologique de l’estuaire reste globalement bonne au regard des effectifs
d’oiseaux hivernants et du nombre de sterne qui s y alimentent quotidiennement à marée haute durant la période de reproduction (source : ZNIEFF précédente). Présence d’importantes implantations ostréicoles.
Liens écologiques ou fonctionnels avec d autres ZNIEFF : nombreux échanges pour l’avifaune avec la ZNIEFF Estuaire de la Penzé.
