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Descriptif synthétique : l'île de Molène est constituée par un socle granitique érodé par les houles et renforcé par des dépôts quaternaires marins. Les ledenez sont formés par des accumulations de galets autour des pointes granitiques.
Milieux principaux : groupements halo-nitrophiles des hauts de grèves et végétation vivace des cordons de galets, végétation des falaises (fissures fraîches et ombragées à Asplenium maritimum, fissures rocheuses à Umbilicus rupestris et Asplenium billoti, groupement à Isoetes histrix et Ophioglossum lusitanicum), pelouses à Armeria maritima et Festuca rubra pruinosa, etc.), pelouses et prairies dunaires (bien développées sur Ledenez Vraz), landes maritimes basses à prostrées à Ulex maritimus et Erica cinerea. Fourrés préforestiers, friches et ronciers.
Espèces remarquables :
- Flore : présence de 4 plantes protégées (3 au plan national, 1 en Bretagne) : la petite ptéridophyte l’isoète épineux (Isoetes histrix) des dépressions de pelouses littorales rases sur sol squelettique, mouillées l’hiver sur l’île Molène ; sur cordons littoraux le chou marin (Crambe maritima) actuellement sur Ledenez Vraz mais a aussi été observé plus anciennement sur Molène ; la patience des rochers (Rumex rupestris) sur Ledenez Vraz, plante également d’intérêt communautaire (mais peut-être non incluse dans l’actuelle zone Natura 2000 qui ne comprend pas la partie terrestre de ce ledenez) ; et le lotier à petites fleurs (Lotus parviflorus) sur l’île Molène. Cinq autres plantes déterminantes pour les ZNIEFF sont aussi présentes dans la zone, dont la grande passerage (Lepidium latifolium) plante adventice d’anciennes cultures et à présent très rare en Bretagne, affectionnant les habitats un peu salés du littoral, connue dans le Finistère que sur Molène en plusieurs points (et Ledenez Vraz) ainsi que ponctuellement dans la région de Penmarc’h.
- Faune - Oiseaux : zone de nidification pour l'Huîtrier pie et le Grand gravelot (ledenez), reproduction du Traquet motteux, et occasionnellement du Busard des roseaux.
Mammifères : reproduction occasionnelle du Phoque gris, et observations de la Loutre d'Europe (2006).
Conditions actuelles de conservation :
Fauche des friches et des ronciers par la commune et le PNRA. Suivi des populations d'oiseaux.
Potentialités pour des effectifs nicheurs plus importants du Grand gravelot ou de l’Huîtrier, et même d’installation de sternes sur Ledenez Vihan (un couple de Sterne pierregarin y a niché en 2012) mais fortement diminuées par la prédation des goélands, des corneilles et des rats.
La prédation par les chats domestiques plus ou moins ensauvagés est problématique (notamment sur les Océanites tempêtes fréquentant le site). Une campagne de limitation du nombre de chats harets sur Molène a été menée en 2012, coordonnée par le Parc naturel marin d’Iroise. La mairie a pris un arrêté le 23 janvier 2012 indiquant que l’identification, la stérilisation et le contrôle des arrivées de chats sur l’île est désormais obligatoire.
