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Cette immense vallée de 6 000 ha s’étend sur un axe nord-sud, de Saint-Projet à Saint-Antonin-Noble-Val. Les zones fortement anthropisées ou les secteurs agricoles ont été, dans la mesure du possible, exclus du périmètre de la ZNIEFF.
La vallée de la Bonnette est constituée de nombreux vallons annexes (affluents). On peut citer, du sud vers le nord : vallon de Luserp, vallon de Frayssinet et de la Gourgue, vallon de Caudesaygues, ruisseau de Rigail, ruisseau de Laval, vallon de Bagnère et celui de Barayrou. La vallée de la Seye, de plus faible surface, n’a qu’un seul affluent : le ruisseau de Fonpeyrouse. Ces deux rivières alimentent en aval la vallée de l’Aveyron.
De nombreux « pechs » et plateaux calcaires abritent les pelouses sèches et leur cortège de plantes caractéristiques : pech Barroul, pech Dax, pech Dardenne, Pechorré, le plateau des Aubugues et de Lasartières.
Les versants des deux vallées sont relativement bien boisés, avant de se prolonger vers les plateaux calcaires qui hébergent les pelouses sèches. Le fond de vallée est constitué de quelques cultures, mais on trouve encore des zones de pâtures et des prairies naturelles de fauche, parfois plus fraîches. L’habitat humain est plus dense en fond de vallon que sur les pechs.
L’ambiance change plus nettement aux abords de Saint-Antonin ou de Loze, avec la présence de falaises verticales.
Ces secteurs karstiques sont troués de plus d’une centaine de grottes, ce qui constitue un habitat privilégié et une zone remarquable pour la faune hypogée (cavernicole), dont les chauves-souris font partie.
En ce qui concerne la flore, dans l’état actuel des connaissances, le seul habitat déterminant est très localisé aux zones de mares, puisqu’il s’agit de formations aquatiques de characées. D’autres habitats de pelouses sèches mésophiles et xérophiles sont également présents, par taches, le long de la vallée, avec des zones plus importantes au sud de la vallée de la Bonnette.
Ce sont ces espaces ouverts qui regroupent les principales espèces déterminantes, avec des taxons emblématiques, comme l’Aster amelle (Aster amellus), localisée dans la moitié nord de la région, l’Euphorbe de Duvall (Euphorbia duvalii), limitée au Sud de la France et l’Orchis de Provence (Orchis provincialis), plus commune dans le Sud-Est de la France.
On retrouve ensuite un cortège de plantes caractéristiques de ces habitats chauds et secs, qui renforcent le caractère méditerranéen de la zone, avec la Catananche bleue (Catanancha caerulea) qui n’est pas déterminante dans le Massif central, la Leuzée conifère (Leuzea conifera) ou encore des espèces moins fréquentes, comme la Linaire simple (Linaria simplex), la Luzerne de Montpellier (Trigonella monspeliaca) ou le Sumac des corroyeurs (Rhus coriaria), toutes ces espèces se développant sur des sols arides, rocheux ou caillouteux.
Dans les versants boisés de la vallée, on remarquera la présence originale du Lys des Pyrénées (Lilium pyrenaicum), qui se trouve ici en limite est de son aire de répartition.
Certains cours d’eau des vallons annexes alimentent des ruisseaux de surface d’assez bonne qualité pour pouvoir abriter plusieurs populations remarquables d’Écrevisses à pattes blanches (Austropotamobius pallipes). Il faut noter la présence de la Bouvière (Rhodeus sericeus), un poisson très localisé, protégé aux niveaux national et européen.
Les différentes mares présentes sur les deux vallées permettent la sédentarisation d’un certain nombre d’espèces d’amphibiens : le cortège observé le plus fréquemment est constitué de la Grenouille agile, de la Salamandre tachetée et du Triton palmé. Le Crapaud accoucheur est présent dans les zones plus sableuses, près des villages, et le Triton marbré se rencontre ponctuellement dans les mares de très bonne qualité et quelques anciens lavoirs. La présence de ce dernier constitue un fort enjeu pour ce groupe taxonomique.
L’avifaune, dont les principaux enjeux se situent dans la vallée de la Bonnette, exploite l’ensemble des potentialités du site : le Faucon pèlerin et le Grand-duc d’Europe utilisent les falaises pour nicher, alors que la Fauvette passerinette et la Fauvette pitchou ont été observées en période de nidification dans les pelouses sèches colonisées par les arbustes.
Dans les boisements, on peut citer le Circaète Jean-le-Blanc, observé dans les secteurs chauds et secs, alors que le Pic mar est contacté (chant) dans une partie plus fraîche.
Les plateaux cultivés de part et d’autre de chaque vallée offrent un réseau de haies, petits arbres et pâtures où se développent plusieurs espèces d’oiseaux liées aux agrosystèmes : on y rencontre le cortège classique de la Huppe fasciée, la Tourterelle des bois et la Pie-grièche écorcheur, ainsi que l’Alouette lulu.
Les zones sèches à faciès de colonisation (fruticées), ainsi que les zones herbeuses plus hautes, sont très prisées par les criquets et sauterelles (orthoptères). De nombreuses espèces ont été inventoriées dont 7 déterminantes strictes. On retrouve parmi ces dernières deux ensembles bien distincts. Le premier correspond aux espèces de milieux humides, telles que la Courtillière commune (Gryllotalpa gryllotalpa) et le Criquet des roseaux (Mecostethus parapleurus), ou de milieux frais, telles que le Barbitiste des Pyrénées (Isophya pyrenaea) et le Phanéroptère commun (Phaneroptera falcata). Le second concerne les espèces de terrains secs et dénudés telles que le Grillon noirâtre (Melanogryllus desertus), l’Oedipode rouge (Oedipoda germanica) et le Criquet des adrets (Chorthippus apricarius).
Parmi les papillons, des prospections complémentaires sont à mener sur ce groupe faunistique, la présence des pelouses calcaires et le contexte général devant permettre de trouver un cortège typique dont plusieurs espèces sont patrimoniales.
Un des plus forts enjeux de la ZNIEFF est représenté par la diversité des espèces de chauves-souris qui fréquentent la vallée et certains gîtes en particulier. Plus de cent cavités, éparpillées entre les deux vallées, font l’objet d’un suivi régulier. Une grande part des grottes est occupée en période d’hibernation par le Grand Rhinolophe et le Petit Rhinolophe, avec des effectifs fluctuants. D’autres gîtes sont plus densément fréquentés, avec des regroupements d’espèces comme celles du complexe Grand/Petit Murin ou encore le Rhinolophe euryale. Le Minioptère de Schreibers est spécialement observé en période de transit automnal, avant la période de léthargie, avec des effectifs très importants (500 individus minimum).
Une des grottes connues est particulièrement exceptionnelle pour son potentiel d’accueil en période d’accouplement (« swarming »). On dénombre 14 espèces et des centaines d’individus qui se rassemblent dans un même gîte. Cette grotte est indispensable au brassage des colonies et aux échanges entre populations.
La vallée de la Bonnette, constituée de milieux divers et de structures végétales variées, constitue un terrain de chasse indispensable aux espèces citées durant la période de forte activité. La structure en mosaïque, avec la présence de bocages, ripisylves, forêts, cours d’eau et mares, offre une importante ressource alimentaire en invertébrés.
Le Conservatoire des espaces naturels de Midi-Pyrénées gère un ensemble d’habitats thermophiles (prairies, pelouses, falaise, bois) sur un versant au sud du village de Caylus.
La première partie de la ZNIEFF (vallée de la Bonnette) est délimitée au sud par la rivière Aveyron. Elle s’étend sur 17 km en droite ligne vers le nord jusqu’au village de Saint-Projet. Elle englobe tous les vallons affluents en excluant les zones agricoles et les gros centres urbains, sur une distance maximum de 10 km.
La deuxième partie (vallée de la Seye) est beaucoup plus petite (11 km de linéaire), mais jumelée à la première à cause de ses affinités écologiques identiques. Cette petite vallée débute au nord-ouest de Varen pour se finir au nord de Cornusson, incluant ainsi le vallon de Fonpeyrouse. Là encore, seuls les versants et certains plateaux calcaires sont pris en compte, excluant les zones artificielles.
Malgré les intérêts épars, la totalité des vallées a été prise en compte pour intégrer le fonctionnement du réseau hydraulique du bassin versant et la présence sur le périmètre de nombreuses grottes presque toutes occupées à une période de l’année. Les terrains potentiels de chasse des chauves-souris sont ainsi pris en compte.
