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La ZNIEFF s’étend dans la partie nord de la région du Vicdessos au centre des Pyrénées ariégeoises. C’est un ensemble de trois sous-entités bien distinctes d’un point de vue géologique : le cirque de Bassiès granitique, le mont Ceint calcaire et le massif des Trois-Seigneurs sur gneiss. Les 21 600 ha de cette zone s’étendent de 550 à 2 650 m d’altitude de l’étage collinéen à l’étage alpin. Une grande partie de la zone est abritée de l’influence atlantique par la nervure massif des Trois-Seigneurs / pic Rouge de Bassiès. Très variée de par sa nature géologique et géomorphologique, la ZNIEFF présente une diversité de milieux et de paysages. La situation biogéographique et les conditions locales définissent une juxtaposition des flores méditerranéenne, montagnarde et subalpine, phénomène assez remarquable au niveau de la région. Les éléments à affinités méditerranéennes se concentrent sur le bas de versant au niveau des villages de la soulane du massif des Trois-Seigneurs, au nord de la zone. Sur la globalité de sa surface, la ZNIEFF présente aussi des zones de falaises et de milieux rocheux (éboulis, roches affleurantes, etc.) particulièrement intéressantes pour de nombreux groupes faunistiques et floristiques. Dès que l’on s’élève en altitude, les influences montagnardes et subalpines vont ensuite prédominer avec les habitats typiques des zones d’altitude : pelouses, landes et landines. Les combes définies par les ruisseaux accueillent des zones humides et tourbeuses particulièrement intéressantes. Ces pentes sont également caractérisées par la présence de pelouses et landes de types montagnard et subalpin. Des lacs d’origine naturelle et artificielle prennent aussi une place importante dans le paysage.
Les milieux remarquables sont majoritairement les milieux humides et tourbeux, présents sur l’ensemble de la ZNIEFF : complexe lacustre de Bassiès, tourbières de Freychinède, de l’Estagnon, ou étangs d’Arbu, d’Artax, Bleu, Long. Des habitats de tourbières hautes, buttes et pelouses à sphaignes, tourbières à Narthecium, tourbières de transition [radeaux à Trèfle d’eau (Menyanthes trifoliata, Potentille des marais (Potentilla palustris) ou à sphaignes et linaigrettes], bas-marais et prairies humides ont été recensés. Il faut aussi noter la présence de nombreuses tourbières de pente sur l’ensemble de la ZNIEFF, elles aussi très intéressantes. Outre leur intérêt en tant qu’habitats d’espèces, ces milieux jouent un rôle important d’un point de vue fonctionnel : atténuation des effets de crues par stockage d’eau, ralentissement des ruissellements de surface. Les zones de marnage des lacs naturels d’altitude accueillent les deux isoètes protégés nationaux (Isoëtes echinospora et Isoëtes lacustris) ainsi que la Subulaire aquatique (Subularia aquatica), protégée en région Midi-Pyrénées. Les habitats forestiers présentent un intérêt en tant qu’habitats pour des espèces patrimoniales comme le Grand Tétras, mais aussi certains faciès particuliers comme les hêtraies sur calcaires. Le bois du Far présente aussi des stades forestiers intéressants pour la faune et la flore avec des phases matures et de sénescence. En effet, il semblerait que cette forêt ne soit plus exploitée depuis longtemps. Les éboulis et milieux rocheux sont eux aussi des éléments importants de cette zone, en tant qu’habitats et habitats potentiels d’espèces autant en contexte calcaire que siliceux. On trouve ainsi sur le site des éboulis de type pyrénéo-alpien siliceux thermophiles, qui correspondent à des habitats de la directive Natura 2000, ou sur falaises calcaires les communautés végétales du Saxifragion mediae. Enfin, les pelouses d’altitude à Laîche sempervirente (Carex sempervirens), pelouses pyrénéennes à Fétuque de Gautier (Festuca gautieri) et pelouses calcaires à Seslérie sont des habitats riches en espèces floristiques.
Les zones tourbeuses et humides de la ZNIEFF abritent la flore d’intérêt patrimonial caractéristique de ce type de milieu : Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), Lycopode inondé (Lycopodiella inundata), isoètes (Isoëtes lacustris et Isoëtes echinospora), espèces protégées d’un point de vue national, Linaigrette engainante (Eriophorum vaginatum), Petite utriculaire (Utricularia minor)... La Scheuchzérie des marais (Scheuchzeria palustris), protégée au niveau national et peu commune dans les Pyrénées, est également connue sur cette ZNIEFF. La Potentille arbustive (Potentilla fruticosa), protégée au niveau national, est présente dans les calcaires du mont Ceint. Les zones de falaises et de rochers abritent aussi de nombreuses espèces déterminantes : des saxifrages (Saxifraga media, protégée régionalement, Saxifraga aretioïdes, Saxifraga geranioïdes, Saxifraga intricata), le Muflier à feuilles d’asaret (Asarina procumbens), la Déthawie à feuilles fines (Dethawia splendens)... Dans les zones bien exposées de bas de versant de la soulane du massif des Trois-Seigneurs (Suc et Sentenac) se rencontrent des espèces à affinités méditerranéennes : le Chêne vert (Quercus ilex), la Lavande à larges feuilles (Lavandula latifolia) et la Lavande à feuilles étroites (Lavandula angustifolia subsp. pyrenaicus), le Pistachier térébinthe (Pistachia terebinthus). Ces zones basses au-dessus des villages sont également occupées par des cultures en terrasses où persistent des espèces messicoles d’intérêt patrimonial dont la Dauphinelle de Verdun (Delphinium verdunense), protégée au niveau national. Les zones d’estive d’altitude abritent des espèces patrimoniales : la Gagée jaune (Gagea lutea), protégée nationalement, le Panicaut de Bourgat (Eryngium bourgatii), la Gentiane de Burser (Gentiana burseri), la Gentiane des Pyrénées (Gentiana pyrenaica), le Lis des Pyrénées (Lilium pyrenaicum), la Nigritelle de Gabas (Nigritella gabasiana)... La flore bryophytique représente aussi un intérêt certain avec la présence de la Buxbaumie verte (Buxbaumia viridis), espèce visée par la directive « Habitats - Faune - Flore » parmi une vingtaine d’autres espèces d’intérêt pour Midi-Pyrénées. Concernant l’avifaune, la ZNIEFF est remarquable par la présence des 3 espèces de galliformes de montagne : Lagopède alpin (Lagopus nutus), Grand Tétras (Tetrao urogallus), précédemment cité, et Perdrix grise de montagne (Perdix perdix hispanicus). Les ruisseaux de la zone accueillent le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus) et l’Euprocte des Pyrénées (Euproctus asper), deux espèces endémiques de fort intérêt patrimonial respectivement inscrites aux annexes II et IV de la directive « Habitats ». L’entomofaune présente aussi des éléments importants puisque l’on peut notamment rencontrer sur le site la Leucorrhine douteuse (Leucorrhinia dubia), libellule à fort intérêt pour l’Ariège, ou encore des papillons patrimoniaux liés aux pelouses d’altitude comme la sous-espèce pyrénéenne de l’Apollon (Parnassius apollo pyrenaica). À remarquer également, sur la soulane du massif des Trois-Seigneurs, la présence du Lézard hispanique (Podarcis hispanica) dans une de ses stations les plus hautes, et proche de la limite connue de son aire de répartition.
La ZNIEFF correspond à l’ensemble du cirque de Bassiès, du mont Ceint et du massif des Trois-Seigneurs. Les limites correspondent à la vallée du Vicdessos au sud, au pied du massif del’Arize au nord, à l’est à la transition vers les quiès calcaires, et enfin à l’ouest au ruisseau de Courtignouet au contour du flanc nord-est du Pic rouge de Bassiès. L’ensemble de la zone fait l’objet d’un réseau dense de données déterminantes d’habitats, de flore et de faune.
