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Le site est scindé en trois entités, localisées dans deux vallées distinctes, le Lemboulas et la Lupte.
Ces trois secteurs, parsemés de nombreuses prairies humides, sont remarquables. En effet, ils constituent des espaces relictuels dans cette vallée, où les champs de maïs et de luzerne se succèdent sans cesse. Beaucoup de ces champs ont remplacé des prairies de fauche. Ces changements se sont opérés au cours des deux dernières décennies. Il n'est plus habituel de découvrir des prairies qui restent longtemps inondées après les longues pluies de l'hiver. On peut encore observer sur ce site des mares qui baignent la pâture, et des rus désordonnés qui finissent par se perdre dans les herbes.
Ces prairies hébergent des populations de Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris), espèce menacée qui bénéficie d'un statut de protection départementale. Ce sont les ultimes stations de cette espèce en se dirigeant vers l’ouest du Tarn-et-Garonne. L'une de ces prairies compte plusieurs centaines de fritillaires et plusieurs centaines d'individus d'Euphorbe poilue (Euphorbia villosa), espèce anciennement déterminante.
Certaines prairies peuvent également accueillir une autre espèce emblématique des prairies humides, l'Orchis à fleurs lâches (Anacamptis laxiflora). Bien que non protégée, cette orchidée reste assez localisée dans l’ouest de l’Occitanie et classée dans la catégorie « Quasi-menacé » (NT) sur la liste rouge régionale.
Chez les insectes, certaines prairies humides et bords d’étangs accueillent le Criquet tricolore (Paracinema tricolor), taxon peu commun dans l’ouest de l’Occitanie et menacé au niveau régional (Vulnérable sur la liste rouge). Des prospections complémentaires pourraient potentiellement mettre en évidences d’autres orthoptères déterminants inféodés aux zones humides comme la Courtilière commune (Gryllotalpa gryllotalpa) ou encore le Tétrix caucasien (Tetrix bolivari).
La vallée de la Lupte se caractérise aussi par la présence de nombreux petits étangs et mares prairiales, presque une dizaine sur le périmètre de la ZNIEFF. Plus d’une quinzaine d’espèces de libellules ont été recensées. Aucune espèce déterminante n’a été encore observée mais on citera toutefois la présence de l’Aeschne mixte (Aeshna mixta), espèce peu commune dans le Tarn-et-Garonne.
Ce réseau de points d’eau est utilisé aussi par plusieurs espèces d’amphibiens. Il faut signaler sur un des étangs la présence de l’Alyte accoucheur (Alytes obstetricans), espèce encore assez commune en plaine mais qui tend à se raréfier.
Ces trois zones s’établissent sur trois prairies de fauche dont la gestion permet le maintien d’un habitat favorable à la présence d’espèces déterminantes et très menacées par la disparition ou la raréfaction de ce milieu.
