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À la confluence de la Pique et de la Garonne, Marignac est aussi à la frontière entre calcaires et schistes. Les cavités naturelles favorables aux chauves-souris sont cependant peu nombreuses dans cette partie du haut Comminges, et la richesse chiroptérologique (chauves souris) se concentre en partie dans le bâti. L’église de Marignac, grâce à sa forme et à son toit en ardoise, réunit les conditions thermiques estivales favorables à la présence d’une colonie de reproduction. La colonie de Marignac est une colonie de Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus); espèce pour laquelle très peu de gîtes sont connus dans la région et en particulier en Haute-Garonne. La rénovation des églises et autres bâtis est une menace lourde pour les colonies installées de chiroptères. Cette ZNIEFF est l’outil d’alerte pour mettre en avant cette colonie d’une cinquantaine de femelles mettant bas dans le clocher depuis plusieurs années. Le Murin à oreilles échancrées est une espèce de l’annexe II de la directive « Habitats-Faune-Flore », mais dont le statut reste peu connu localement. Les gîtes qu’il affectionne pour la mise bas sont souvent dans le bâti, et il affectionne pour la chasse les lisières, forêts et bords de cours d’eau. Les terrains de chasse se situent a priori dans un rayon de 15 km environ autour du gîte, et le Murin y trouve principalement les diptères et araignées qui composent son régime alimentaire.
La ZNIEFF concerne l’église du village où la colonie de reproduction de chauves souris est installée. Aucune étude sur cette colonie ne permet de désigner rigoureusement les terrains de chasse effectifs, y compris ceux des jeunes au moment de l’émancipation.
