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Le piémont calcaire où se situe le village de Barbazan est très favorable aux chauves-souris. En effet, il se développe sur des terrains calcaires, régulièrement karstiques, et l’on y trouve une mosaïque de milieux peu dégradés. Cette mosaïque comprend des boisements naturels de chênes, de hêtres et autres feuillus, des prairies de fauche diversifiées, des pelouses sèches, des fruticées, de nombreuses haies, des cours d’eau naturels... Ce territoire est donc très favorable au gîte et aux insectes nécessaires pour les chiroptères. Le Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) y trouve particulièrement son compte puisqu’il occupe les cavités souterraines en hiver, et qu’il apprécie particulièrement ce paysage bocager pour la chasse des insectes dont il se nourrit. Cependant, pour les gîtes de mise bas, l’espèce est très liée aux constructions humaines : granges, greniers, combles... L’église de Barbazan est dans ce contexte un site privilégié pour cette espèce. En effet, il a été possible de dénombrer jusqu’à 150 femelles venant mettre bas dans les combles, ce qui en fait une des colonies les plus remarquables de la région. Des travaux récents de rénovation des bâtiments ont été faits en respectant des dates de travaux non perturbantes et en conservant un accès aux chauves-souris qui ont réinvesti les lieux dès la fin des travaux. Cette richesse patrimoniale exceptionnelle semble donc pérennisée. Le Petit Rhinolophe est une espèce visée par l’annexe II de la directive « Habitats-Faune-Flore » ; le piémont pyrénéen héberge des effectifs importants de cette espèce menacée par ailleurs, donnant une responsabilité importante à ce territoire pour l’espèce.
Le contour de la ZNIEFF n’intègre que l’église de Barbazan qui accueille la colonie de reproduction de Petit Rhinolophe. Aucune étude menée sur place ne permet d’intégrer avec rigueur des terrains de chasse, même pour les jeunes en cours d’émancipation. Cependant la ZNIEFF de type 2 « Piémont calcaire commingeois et bassin de Sauveterre », dans laquelle est inclus le gîte, intègre vraisemblablement une partie de ces terrains de chasse.
