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Milieux rares en Isle Crémieu, les grottes ont souvent eut besoin de plusieurs millénaire pour se former. Leur formation accompagne généralement la dissolution du calcaire par le dioxyde de carbone contenu dans les eaux d’infiltration. D'abord plutôt hostile, elles abritent pourtant un écosystème très fragile, dont les ambassadeurs les plus connus sont les Chauves-souris. On peut ainsi trouver à Beptenaz plusieurs espèces de chauve-souris rares comme le Grand et le Petit Rhinolophes, ou le Minioptère de Schreiber. Tout un cortège d’invertébrés mérite également d'être évoqué. La conservation d'un tel habitat est importante car elle conditionne la survie de cette faune cavernicole en Isle Crémieu.
