Le marais de Saint-Aupre est l'une des dernières grandes zones humides du secteur. Il s'agit d'une tourbière dite alcaline. Elle se développe sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les Hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Ce sont essentiellement des tourbières de plaine. Les formations végétales qui composent le marais sont variées : "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) à Choin noirâtre , phragmitaies (roselières à phragmites), bois marécageux, prairies à Molinie bleue ou à Reine des prés abritent de nombreuses espèces intéressantes de la faune et de la flore. On remarque parmi les espèces végétales emblématiques trois espèces d’orchidées : l’Orchis très odorant, l’Orchis à fleurs lâches et l’Epipactis des marais.