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Le massif du Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, au moins dans sa partie la plus au sud, il reste bien préservé. L'ensemble est particulièrement diversifié. Le massif du Bugey présente un relief karstique particulièrement marqué : falaises et grottes y sont très nombreuses. Le marais du Grand pré est une zone humide de forme circulaire située dans une dépression avec, pour seuls exutoires, deux pertes karstiques. La partie centrale, tourbeuse, est occupée par des prairies à Molinie bleue et des formations à Reine des prés, envahies par le roseau phragmite et quelques épicéas. Des pelouses oligotrophes à humidité variable, certaines même sèches, entourent ce marais. Certaines de ces pelouses étaient fauchées jusque récemment. La ceinture externe est composée de plantations de conifères qui ont provoqué la disparition des prairies humides situées en périphérie du site. Quelques trouées dans ces boisements permettent cependant de maintenir certaines plantes intéressantes. L'Ophioglosse (ou "Langue de serpent") est un véritable fossile vivant. Cette petite fougère est plus fréquente dans les prairies humides. Il est aussi possible de la rencontrer dans des milieux plus secs (pelouses de coteaux calcaires par exemple) dans des régions à forte pluviosité. Son unique feuille est composée d’un limbe ovale et d’un épi de sporanges lui donnant l'aspect d'une langue de serpent. On rencontre également la belle Fritillaire pintade, liliacée printanière dont la couleur évoque le plumage de la pintade ou un damier. Elle est devenue rare par la destruction de ses habitats : endiguement des fleuves, plantation des prairies en peupleraies, maïsiculture…Mais la richesse de ce site repose avant tout sur la présence du Glaïeul des marais, plante protégée inscrite parmi les espèces prioritaires de la flore menacée de France. Sa répartition nationale se limite à quelques stations en Alsace, dans le Jura et surtout les départements de l'Ain et de la Haute-Savoie. Le Glaïeul des marais est une plante des clairières humides et des coteaux marneux, appréciant les sols temporairement gorgés d'eau. Elle est particulièrement remarquable par ses fleurs roses portées sur une tige haute de dix à trente centimètres.
