Le Bugey, situé sur le côté est du département de l'Ain, constitue la partie méridionale du massif du Jura. Les précipitations sont particulièrement abondantes dans cette région puisqu'on relève souvent plus de 1500 mm sur l'année. Toutefois la présence d'un relief karstique particulièrement marqué explique la circulation surtout souterraine de l'eau. C’est pourquoi les zones humides sont si remarquables. La combe de Léchaud, entre la cluse de Nantua et le plateau d'Hauteville, est un synclinal résultant des soulèvements géologiques tertiaires de ce substrat calcaire formé au secondaire. L'abondance des précipitations a favorisé l'installation, sur les replats, de plusieurs tourbières. Celles-ci occupent au total près de 10 % de la surface de la combe de Léchaud. Le marais de la Batonnière appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la régionLes milieux de tourbières alcalines sont très variés. La petite zone humide de la Batonnière est occupée par des secteurs de "bas-marais" (marais tout ou partie alimentés par la nappe phréatique) à Laîche de Daval, des roselières à Baldingère et des prairies plus ou moins humides. Le site est entouré par des prairies de fauche. La diversité floristique de ces milieux humides est relativement importante. Ainsi, le marais de la Batonnière abrite une flore remarquable. Citons par exemple l'Ail rocambole, liliacée très rare dans le département de l'Ain.