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Le Bugey, situé sur le côté est du département de l'Ain, constitue la partie méridionale du massif du Jura. Les précipitations sont particulièrement abondantes dans cette région puisqu'on relève souvent plus de 1500 mm sur l'année. Toutefois la présence d'un relief karstique particulièrement marqué explique la circulation surtout souterraine de l'eau. C’est pourquoi les zones humides sont si remarquables. La combe de Léchaud, entre la cluse de Nantua et le plateau d'Hauteville, est un synclinal résultant des soulèvements géologiques tertiaires de ce substrat calcaire formé au secondaire. L'abondance des précipitations a favorisé l'installation, sur les replats, de plusieurs tourbières. Celles-ci occupent au total près de 10 % de la surface de la combe de Léchaud. Le marais de la Scie appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Les milieux de tourbières alcalines sont très variés. Le marais, en partie pâturé, présente des secteurs dominés par la Reine des prés. On trouve aussi des bas-marais à Laîche de Daval et des cariçaies (formations végétales dominées par les laîches). Une petite zone d'eau est située au sud du site. La diversité floristique de ces milieux humides est relativement importante. Le marais de la Scie abrite ainsi une flore remarquable; citons par exemple la Germandrée d'eau protégée en région Rhône-Alpes.
