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Le massif du Bas-Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, il reste bien préservé. Mais c'est sa physionomie qui présente le plus d'intérêt. De la plaine du Rhône au sommet du massif (Molard Dedon, 1219 m), le dénivelé est de près de 1000 m. Les conditions climatiques rencontrées sur l'ensemble du massif sont particulièrement variées et permettent une grande diversité botanique. Les milieux rencontrés sont aussi divers que tourbières, lacs, forêts montagnardes, pelouses sèches, pâturages, falaises... Le marais de Vaux de Saint-Bois appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Les milieux de tourbières alcalines sont très variés. Le marais de Vaux de Saint-Bois présente une mosaïque de milieux humides, telles que prairies à Molinie bleue ou cladiaie (formation végétale dominée par le marisque). Il est recouvert de nombreux bosquets (de Saule cendré notamment). La diversité floristique du marais est relativement importante. Plusieurs espèces remarquables s'y développent. Citons par exemple le Pâturin des marais ou le Séneçon des marais. La faune remarquable est représentée en particulier, parmi les libellules, par l'Agrion de Mercure et l'Agrion délicat.
