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La Matheysine forme un plateau riche en lacs d’origine glaciaire. Les anciennes mines et la grotte situées en aval du pont du Prêtre possèdent un remarquable peuplement de chauves-souris, qui trouvent ici refuge en période d'hibernation. Les chauves-souris sont les seuls mammifères à avoir acquis la maîtrise du vol actif. Elles ont aussi la particularité de "voir avec les oreilles" : même si leurs yeux sont fonctionnels, ces animaux nocturnes utilisent un sonar. Les ultrasons sont produits par la bouche ou le nez de l’animal. Ensuite, grâce à ses oreilles, ce dernier capte l’écho du son qui a été réfléchi par les obstacles ou les proies. Grégaire, le Minioptère de Schreibers forme souvent de vastes colonies de plusieurs milliers d'individus. Il est plus rarement observé sous forme de sujets isolés. En l'état actuel des connaissances, les effectifs seraient de l'ordre de 8000 individus en région Rhône-Alpes. La Pipistrelle commune est la plus petite chauve-souris d’Europe. Elle est présente dans les villes et villages, les parcs et jardins et fréquente toutes sortes d’abris, été comme hiver, situés dans des crevasses de murs, sous des lambris, derrière les volets ou dans des arbres creux. Le Grand Rhinolophe est comme son nom l'indique le plus grand des rhinolophes d’Europe. En hibernation, il s’enveloppe en général totalement dans ses ailes pour conserver sa chaleur. Cette espèce essentiellement cavernicole se rencontre aussi dans les caves des habitations et les greniers et combles d’églises. Son régime alimentaire se compose essentiellement de gros insectes : hannetons, criquets, papillons de nuit, qu’il dévore à des emplacements réguliers. Le site abrite aussi des colonies de Vespertilion de Natterer, de Sérotine commune et d’Oreillard septentrional (ou Oreillard roux).
