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Signe non équivoque de la richesse de son patrimoine naturel, la Chartreuse est riche de quatre-vingt dix espèces botaniques protégées et la plupart des ongulés de France (à l’exception du Bouquetin des Alpes) hantent son territoire. La forêt des Fourneaux, située au cœur du massif, est une hêtraie montagnarde typique de cet étage altitudinal et des conditions climatiques locales. Sous l’ombrage des arbres se développent de nombreuses espèces remarquables trouvant ici la fraîcheur et l’humidité indispensables à leur développement. On rencontre ainsi une petite saxifragacée, la Dorine à feuilles opposées, qui affectionne les bords humides des ruisseaux. Le Polystic à aiguillons est une fougère ayant une distribution plutôt montagnarde ; il recherche la fraîcheur et l’humidité dans les ravins encaissés, les bords de ruisseaux. Citons aussi, parmi les plantes communes localement, la Lunaire vivace (une plante de la famille des choux aux fleurs blanches à quatre pétales au parfum de narcisse), ainsi que la Balsamine des bois aux grandes fleurs jaunes à la gorge ponctuée de rouge.
