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Le Lignon prend sa source dans les monts du Forez, dans les tourbières sommitales. Après un long parcours dans les monts du Forez d'ouest en est, la rivière arrive à Boën. Le tronçon considéré ici se trouve en plaine. Il s'agit du linéaire situé entre Boën et la confluence avec la Loire. Sur ce secteur, l'eau est encore assez oxygénée et abrite un peuplement piscicole intéressant. On y trouve la dernière population d’Ombre commun du département de la Loire, ainsi que la Lamproie de Planer. Ces deux espèces se répartissent régulièrement de Poncins jusqu'à la confluence. La Lamproie de Planer est la seule lamproie française vivant en permanence dans des eaux douces. Les jeunes lamproies se nourrissent en filtrant dans la vase des organismes microscopiques. Une fois atteint l’âge adulte, elles ne se nourrissent plus jusqu'à leur mort. Le Lignon a également abrité les dernières Loutres du département. Vers l’embouchure, le Castor d'Europe est toujours présent. Il se signale à quelques troncs rongés en bord de rivière. Il a peu à peu "jardiné" la forêt en taillant les peupliers à sa hauteur. Les arbustes repartent alors en boule et renforcent leur système racinaire. Leurs silhouettes caractéristiques porte la signature du rongeur. Concernant l'avifaune, la Bergeronnette des ruisseaux est présente et le Martin-pêcheur d'Europe niche dans les endroits possédant encore une dynamique favorisant une érosion de berges. En effet, il creuse son nid dans le talus des berges meubles, au-dessus de l'eau. Il se signale par ses sifflements stridents qu’il émet lorsqu'il survole l'eau. Son vol stationnaire est lui particulièrement efficace pour repérer les poissons qu'il pêche à l'aide de son long bec ressemblant à un poignard. S'agissant enfin des insectes, on remarque le Cordulégastre annelé, grosse libellule citée en listes rouges nationale et régionale des espèces menacées. Parmi les papillons, le Cuivré des marais, espèce assez rare et protégé, est étroitement dépendant de certains Rumex qui sont ses plantes-hôtes.
