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A l'extrémité est du département de l'Allier, en limite avec la Saône et Loire étale dans une vaste plaine alluviale ses méandres régulièrement renouvelés. La dynamique du fleuve se traduit par une grande diversité de milieux et par un grand intérêt faunistique.
Dans la partie aval, située entre Garnat-sur-Engièvre (près de Beaulon) et Gannay-sur-Loire, la Loire serpente sur environ 30km, pour 17 en ligne droite, ce qui traduit l'importance de ses 13 méandres.
Les milieux alluviaux sont très intéressants et originaux de par les conditions particulières de température et d'humidité (micro-climat chaud et sec, surtout l'été), et de par la "stabilité par cataclysme", qui les caractérisent. Le renouvellement fréquent des substrats par divagation du fleuve est en effet un facteur essentiel pour la conservation de ces milieux et pour leur intérêt.
A partir du cours principal de la rivière, on rencontre une succession de milieux répartis selon des gradients d'humidité (liée à l'altitude du substrat par rapport à l'étiage et à la nappe phréatique), la granulométrie (vases dans les anses et les bras morts, grèves de galets, dunes de sables), et l'acidité (terrasse acidifiée en surface).
Les formations aquatiques (à Potamots, lentille d'eau, Nénuphars), sont présentes localement dans les bras morts.
Le Nanocyperion, végétation annuelle amphibie des vases, habitat déterminant en Auvergne, fréquente également les bras morts, mais très peu profonds (par exemple aux Germains).
Les bancs vaseux de bras secondaires seulement recouverts d'une fine pellicule d'eau, et les abords immédiats du fleuve, abritent une végétation à Bidents et Chénopodes (Chenopodion rubri), déterminante en Auvergne.
Les bancs de graviers et de sables sont bien développés, constituant de véritables dunes plus ou moins mobiles qui abritent un milieu déterminant, la dune à Corynéphore (par exemple aux Germains).
Les grèves plus élevées abritent diverses friches à Plantain des sables, Armoise, Mélinot, etc.
Les autres formations humides telles que roselières, magnocariçaies et filipendulaies, moins typiques des milieux alluviaux, sont peu répandues. On note dans l'ensemble la faiblesse du niveau d'humidité dans le lit majeur; on aurait pu observer des prairies humides au niveau de cuvettes et anciens bras morts ou d'intéressantes mares, si le niveau de la nappe phréatique était plus élevée. Ce faible niveau est sans doute lié à des causes anthrophiques (encaissement du lit suite aux extractions de granulat, captages,...).
Sur les terrasses sableuses plus sèches et plus anciennement colonisées, marquées par un relief chaotique lié aux divagations plus anciennes, des pelouses mésoxérophiles maigres à chiendents sont pâturées par les bovins (qui fréquentent bien souvent tout le lit de la rivière). On observe également des fourrés, dominés par le Prunellier.
Les formations arborescentes sont très limitées vu la vocation agricole de la zone; quelques saulaies au niveau d'anciens bras morts, bordées de franges mésonitrophiles à hautes herbes, et des bois d'Acacia.
L'essentiel des anciennes terrasses élevées est occupée par des prairies mésophiles (élevage charolais), qui conservent un aspect bocager assez marqué. Des cultures intensives se développent cependant, y compris à des distances assez faibles du fleuve.
Des carrières et sablières, en activité ou non, marquent le paysage.
La Loire est un lieu de migration aussi bien pour les plantes que pour les animaux: de nombreuses espèces introduites, souvent d'origine nord-américaine ou tropicale, s'ajoutent à la flore locale.
Parmi les espèces autochtones les plus rares, on note une espèce protégée, micro-endémique du fleuve Loire, l'Epervière de Pelletier. Cette espèce des hautes grèves du lit apparent supporte à la fois la sécheresse estivale intense et l'inondation périodique due aux fortes crues.
La faune est remarquable par ses poissons migrateurs, le Saumon et la Grande Alose, qui figurent en liste rouge régionale.
L'avifaune nicheuse est exeptionnelle, avec 7 espèces de la liste rouge régionale, 5 en déclin et 3 à surveiller.
Les falaises sableuses de bord de terrasse acceuillent le Martin-pêcheur (espèce à surveiller) et l'Hirondelle des rivages (en déclin).
Les grèves dénudées offrent des sites de nidification aux Sternes naines et Pierregarin et au Chevalier Guignette (liste rouge régionale), ainsi qu'au Petit Gravelot (à surveilles).
La présence de grands arbres au milieu d'étendues ouvertes est propice au Faucon hobereau (liste rouge régionale).
Les grèves sableuses et terrasses avec végétation rase, d'aspect steppique, accueillent l'Oedicnème criard (en déclin) et le Vanneau huppé et le Pipit rousseline (liste rouge régionale).
Les boires abritant des roselières suffisantes accueillent le Bruant des roseaux (espèce à surveiller).
Les friches et fourrés, plus développés que dans les deux sites amont (0009-0001 et 0009-0002), offrent refuge à la Pie-grièche grise (en déclin), et à la Fauvette babillarde (liste rouge régionale).
Le milieu bocager est intéressant pour la Huppe fasciée (en déclin).
La Caille des blés (en déclin) profite en revanche des cultures, à condition qu'elles recèlent suffisamment de nourriture.
La zone est également très importante pour le passage des migrateurs (Balbuzard pêcheur, Aigrette garzette, canards, etc), et pour l'hivernage.
Formant avec les deux ZNIEFF du Val de Loire situées en amont une entité très forte, le présent site s'en distingue par plusieurs critères.
La répartition des milieux, tout d'abord, montre un fort taux de terres cultivées (au détriment des prés), comparable à celui du secteur voisin (ZNIEFF 0009-0002), mais bien supérieur à celui du secteur situé le plus en amont (ZNIEFF 0009-0001). Cet élément est regrettable par rapport à la qualité (voire la quantité...) de l'eau, et à la nourriture et à l'abri offert à la faune, notamment migratrice.
Point positif en revanche, la divagation du fleuve n'est pas limitée artificiellement. L'importance des bancs de graviers est cependant un peu plus faible que dans les deux autres ZNIEFF.
Les pelouses mésoxérophiles sur anciennes dunes sont un peu moins fréquentes que dans les deux autres ZNIEFF. En revanche, les fourrés sont plus développés, et abritent une avifaune spécifique intéressante.
Le très grand intérêt ornithologique est à souligner.
La partie aval de la Loire le long du département de l'Allier présente en conclusion un intérêt patrimonial majeur, et constitue un élément déterminant des deux grands axes alluviaux de la région.
CBNMC : Modification de la ZNIEFF pour y inclure une station de Glyceria maxima
La délimitation s'appuie sur le lit moyen du fleuve. En effet, les méandres y évoluent irrégulièrement, et le lit mineur est exceptionnellement intéressant par ses groupements végétaux, pour les poissons, pour certains oiseaux nicheu
