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Les inventaires menés sur d'anciennes carrières et des champignonnières de la commune de Villegouge ont révélé la présence de gîtes de mises bas et d'hivernage pour des nombreuses espèces de chiroptères menacées en France et en Europe. Les effectifs et la diversité des espèces identifiées permettent de qualifier les sites d'intérêt national voire international.Cette ZNIEFF de type II correspond aux territoires de chasse exploitables ou potentiellement exploitables pour les chiroptères, la qualité de ces territoires étant une des conditions essentielles à la conservation des chiroptères.
Cette ZNIEFF comprend également les palus de Saint-Germain-De-La-Rivière qui sont des zones humides remarquables pour de nombreuses espèces végétales et animales rares et menacées au niveau national. Ce territoire comprend également des buttes calcaires développant une végétation thermophile peu commune et riche en orchidées et des milieux humides en bordure de cours d'eau, support d'une faune d'intérêt patrimonial.
Les connaissances biologiques et écologiques de ces territoires restent relativement faibles, tant pour les chiroptères dont l'intérêt biologique des nombreuses carrières du territoire est encore méconnu, que pour les zones humides où les inventaires du patrimoine naturel sont peu nombreux. L'intérêt biologique de ce territoire pourrait s'avérer bien supérieur à celui actuel.
La délimitation s'appuie sur la limite proposée dans le cadre du Document d'Objectifs des carrières souterraines de Villegouge (cf. CREN, 2010) et remaniée à la marge sur certaines parcelles en fonction de l'occupation du sol. Cette limite prend en compte les connaissances écologiques des chiroptères présents sur le territoire (distance de déplacement, régime alimentaire...), l'analyse des milieux favorables pour l'alimentation (territoire de chasse), la répartition des carrières sur les communes de Saint-Germain-de-la-Rivière et La-Rivière.
