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La vallée de la Rauze est essentiellement occupée par des prairies naturelles, fauchées, pâturées ou bien soumises successivement aux deux régimes. De nombreuses prairies souffrent cependant d’un manque d’entretien, voire d’abandon, et la vallée, comme les vallons tributaires, a tendance à se refermer. Les coteaux qui bordent ces vallons sont très majoritairement boisés, recouverts par la chênaie pubescente. Ils présentent cependant encore de nombreuses pelouses sèches et aussi des landes calcicoles dominées par le Genévrier commun (Juniperus communis). Certains habitats naturels d’intérêt patrimonial ne couvrent que de faibles surfaces. Il s’agit des travertins ou tufs, qui sont des communautés de mousses aquatiques très exigeantes sur la qualité de l’eau et qui fixent le calcaire dissous dans l’eau. Ces formations bryophytiques sont ainsi à l’origine de micro-cascades sur la Rauze, surtout à l’aval. Autre habitat ponctuel sur la zone, la ripisylve, formation arborée riveraine dominée par le Frêne élevé (Fraxinus excelsior) et l’Aulne glutineux (Alnus glutinosa), n’est souvent représentée que par une étroite frange en bord de rivière, mais elle peut parfois occuper tout le fond de vallée. La faune liée aux milieux aquatiques compte, entre autres, l’Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale), qui affectionne les ruisselets ensoleillés pour son développement larvaire. Les prairies naturelles de fauche (du Brachypodio rupestris-Centaureion nemoralis) sont nombreuses sur le site. Elles sont souvent en contact avec des pelouses sèches sur sol profond (Mesobromion « alluvial »), qui occupent les niveaux topographiques plus élevés que les prairies. Dans les zones les plus mouillées, on trouve aussi des prairies humides et des mégaphorbiaies (communautés de hautes herbes). Plusieurs prairies humides présentent aussi des faciès de transition entre différents types bien établis : Brachypodio-Centaureion/Molinion, Brachypodio-Centaureion/Bromion racemosi. C’est dans la diversité de ces habitats prairiaux et herbacés, et dans la diversité biologique (faune et flore) qu’ils abritent que réside un des intérêts majeurs de cette zone. Parmi les espèces qui poussent préférentiellement dans les prairies naturelles humides, notons la présence remarquable du Cirse tubéreux (Cirsium tuberosum), de l’Orchis élevé (Dactylorhiza elata subsp. sesquipedalis) et de l’Euphorbe velue (Euphorbia villosa), qui est bien plus fréquente au sud du Lot, dans les prairies mésohygrophiles du Quercy blanc, qu’au nord de cette même rivière. L’Orchis grenouille (Dactylorhiza viridis), qui fait aussi partie de ce cortège, avait été signalée il y a dix ans sur le site, mais cette espèce ayant accusé une très forte régression dans le Lot, nous ne sommes pas sûrs de sa présence actuelle. Le Cuivré des marais (Lycaena dispar), dont la chenille se nourrit sur diverses oseilles (surtout Rumex crispus et Rumex conglomeratus), occupe plusieurs stations, parfois assez populeuses, dans les prairies de cette zone. La population de Cuivré des marais de la vallée de la Rauze était, il y a quelques années, une des plus importantes du Lot. Deux autres espèces de papillons d’intérêt patrimonial fréquentent les prairies de la zone : le Nacré de la Filipendule (Brenthis hecate), dont la plante hôte est la Filipendule vulgaire (Filipendula vulgaris), et l’Azuré du serpolet (Maculinea arion), qui a besoin de la fourmi myrmicine Myrmica sabuleti pour boucler son cycle larvaire et hiverner, à l’abri, dans la fourmilière. Le Barbitiste des Pyrénées (Isophya pyrenea), une grosse sauterelle ventrue et microptère qui affectionne les prés mésophiles et les haies arbustives, est présente dans les fonds de vallée de la zone. Les pelouses sèches qui se développent sur les coteaux et les bords de plateaux sont de trois types : certaines, dans les zones très ensoleillées, appartiennent au Xerobromion du Quercy ; elles sont alors souvent accompagnées de pelouses à annuelles du Thero-Brachypodion. Le troisième type, moins xérophile, appartient au Mesobromion du Quercy, et est surtout présent en position sommitale ou en ubac. Parmi la microfaune liée aux pelouses sèches, on notera la présence du Petit Cryptocéphale (Cryptocephalus infirmior), un coléoptère de la famille des chrysomèles, rare sur les causses, et un peu plus fréquent dans le Quercy blanc. Ces populations quercynoises forment un isolat géographique assez éloigné de leur foyer méditerranéen. Il est présent sur le site, notamment dans les formations herbacées qui incluent sa plante nourricière, la Badasse (Dorycnium pentaphyllum). Dans les bois frais, plusieurs espèces patrimoniales sont présentes dont le Muguet de mai (Convallaria majalis) et l’Épiaire des Alpes (Stachys alpina) signalée de la zone dans le précédent inventaire des ZNIEFF et globalement assez rare dans le département. L’avifaune forestière est également riche, avec la présence notable de deux couples de Circaète Jean-le-Blanc. Ce grand rapace prédateur de reptiles a besoin de sites forestiers calmes pour mener à bien l’élevage annuel de son unique jeune. Le Pic mar et le Pouillot siffleur sont également présents dans les secteurs de futaies qui se développent en bas de pente, en exposition nord. Le Pic mar n’est pas rare dans les vallées lotoises, et il est abondant partout en dehors des causses et du Quercy blanc. Le Pouillot siffleur est quant à lui nettement plus rare au niveau départemental et quasiment exceptionnel sur les zones caussenardes. Occupée par un superbe ensemble de prairies naturelles, la vallée de la Rauze et ses vallons tributaires représentent un site majeur pour la conservation de plusieurs espèces animales remarquables comme le Cuivré des marais, l’Agrion de Mercure ou le Pouillot siffleur. Elle risque cependant de pâtir assez rapidement de l’abandon du fauchage des prairies enclavées de faible surface, qui sont devenues inaccessibles à la suite de l’augmentation considérable de la taille du matériel agricole et du manque croissant d’exploitants agricoles.
Cette zone comprend l’ensemble de la vallée de la Rauze, ses vallons tributaires et la totalité des coteaux attenants. Elle s’étend donc depuis la zone de sources, dans les downs appelés aussi Cévennes de Cahors, jusqu’à la confluence avec le Vers, au sud de l’oppidum de Murcens. La zone exclut la plupart des secteurs de plateaux qui dominent la vallée, privilégiant en cela les zones les plus pentues sur lesquelles on trouve une végétation de milieux secs très intéressante. La zone est en contact direct avec la ZNIEFF de la vallée du Vers avec laquelle elle partage de nombreux points communs.
