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L'ancienne mine d'or de La Celle Dunoise est située dans la vallée de la Creuse juste à l'aval du bourg, le long de la route départementale 15. Le substrat environnant est essentiellement granitique et gneissique, avec un affleurement d'amphibolite en rive droite dans le vallon de la Bussière ; les alluvions et colluvions occupant logiquement la vallée. La vallée est, à cet endroit, relativement encaissée et bien boisée ce qui est très favorable aux 11 espèces de chauves-souris de la ZNIEFF. Quatre espèces hibernent régulièrement dans la cavité : le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) relativement cosmopolite, qui s'accommode de milieux variés, le Murin de Daubenton (Myotis daubentonii) plus exigeant, rarement éloignée de l’eau, est plutôt considérée comme forestier comme les deux espèces suivantes, le Murin de Natterer (Myotis nattereri) qui en chasse fréquente aussi les pâtures bocagères où elle s'est spécialisée dans le glanage d'insectes posés sur la végétation et le Grand murin (Myotis myotis) qui lui chasse essentiellement des gros coléoptères.
Quatre autres espèces s’y retrouvent mais moins régulièrement et en nombre moindre : le Murin de Bechstein (Myotis bechsteinii), le Murin à moustaches (Myotis mystacinus), le Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) et L’Oreillard roux (Plecotus auritus).
A l’extérieur de la mine trois autres espèces ont été contactées au détecteur à ultrasons : la Sérotine commune (Eptesicus serotinus), la Pipistrelle commune (Pipistrellus pipistrellus), la Pipistrelle de Kuhl (Pipistrellus kuhlii).Concernant la flore, les boisements très pentues représentent l'enjeu principal :
- présence d'une chênaie-charmaie neutrocline au sous-bois diversifié (Euphorbe des bois, Mélique uniflore, Circée de Paris, Fragon...). L'Epiaire des Alpes, historiquement signalée, est à rechercher dans cette formation ;
- présence de banquettes colluvionnées en bas de pente (Renoncule à feuilles d'Aconit, Isopyre faux-pigamon, Elyme des chiens, Renoncule à tête d'or...) ;
- présence d'affleurements rocheux (Anarrhine à feuilles de pâquerette, Catapode des graviers, Doradille du Nord, Doradille à feuilles alternes, Doradille de Billot...). La Piloselle de Lepéletier, historiquement signalée, est à rechercher dans cette formation.
Un Atlas de la Biodiversité Communal (ABC) piloté par la municipalité a été réalisé en 2019 sur l'ensemble de la commune.
Le site intègre la cavité souterraine et une enveloppe exterieure bien plus large qui comprend un ensemble de boisements, de haies, de bosquets et de prairies humides qui, outre leur fonction de zone d'alimentation immédiate pour les chiroptères, offrent un intérêt botanique. La ZNIEFF reprend, en l'étendant et en l'affinant, une partie du périmètre de la ZNIEFF de Type II qui l'englobe "Vallée de la Grande Creuse" et s'arrête au seuil du moulin de Lavaud ; dans sa partie sud, elle intègre la petite vallée encaissée du ruisseau d'Isles.
