Dans le plan de gestion de la Réserve Naturelle élaboré en 1997, des études à long terme ont été proposées. Certaines de ces études ont été reconduites dans le nouveau plan de gestion notamment l’étude sur le suivi des communautés ichtyologiques. Ce programme de recherche s'applique également aux massifs coralliens des îlets Pigeon et s’inscrit dans les thématiques prioritaires identifiées à l’échelle nationale :
- changements climatiques : caractérisation du phénomène et mesure des impacts (élévation de la température des océans) sur les milieux et les espèces
- étude et lutte contre l’érosion de la biodiversité : en fonction des différents enjeux et menaces (pollutions, espèces envahissantes…).
Ce protocole a été développé pour :
- fournir une évaluation rapide des communautés ichtyologiques ;
- faire l'inventaire de la biodiversité.
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