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Rapportages communautaires sur les directives « nature »

Contexte des rapportages communautaires

La directive Habitats-Faune-Flore (92/43/EEC) et la directive Oiseaux (2009/147/EC, version codifiée du texte d'origine, la directive 79/409/EEC), établissent la base réglementaire pour la conservation de la nature au sein de l'Union européenne. En plus des actions de conservation qu'ils doivent mettre en œuvre, les Etats membres s'engagent à travers ces textes, à évaluer régulièrement les statuts et les tendances des espèces et types d'habitats visés par ces directives « nature » pour les rapporter à la Commission européenne.

Rôle du MNHN : Elaboration d'outils scientifiques et coordination de l'expertise

Que ce soit pour l'évaluation de l'état de conservation des espèces et habitats d'intérêt communautaire (DHFF article 17) ou pour l'évaluation des statuts et tendances des populations d'oiseaux sauvages (DO article 12), le ministère en charge de l'écologie confie le pilotage de ces rapportages au Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN).

Menés en partenariat avec de nombreuses structures partenaires et faisant appel à un très grand nombre d'experts, scientifiques et gestionnaires d'espaces naturels, ces exercices consistent à :

  • Organiser l'expertise scientifique ;
  • Fournir les d'outils et adapter les méthodes communautaires ;
  • Valider les résultats ;
  • Effectuer la synthèse et la transmission du rapport électronique à la Commission européenne ;
  • Stocker les données inhérentes à ces programmes ;
  • Coordonner les réflexions sur la surveillance à mettre en place.

Evaluation de l'état de conservation à l'échelle des régions biogéographiques (DHFF article 17)

Pour la seconde fois, depuis la mise en place de la directive européenne « Habitats, faune, flore » en 1992, la France a mené en 2013 pour la Commission Européenne, une évaluation systématique de l'état de conservation de la faune, la flore et des habitats d'intérêt communautaire présents sur son territoire. Ce bilan de santé a été réalisé dans le cadre des rapports réguliers (tous les six ans) prévus par l'article 17 de cette directive. Ce nouveau rapport couvre la période 2007-2012, et concerne, en France, 312 espèces animales et végétales, ainsi que 132 types d'habitats, à la fois en milieu terrestre et marin. Chaque habitat et espèce est évalué dans les régions biogéographiques où il est présent. Ainsi, en France 1009 évaluations ont été réalisées sur 4 régions terrestres et 2 marines.

Principe de l'évaluation de l'état de conservation

Au sens de la DHFF, l'état de conservation favorable constitue l'objectif global à atteindre et à maintenir pour tous les types d'habitat et pour les espèces d'intérêt communautaire. Il peut être décrit comme une situation où un type d'habitat ou une espèce prospère (aspects qualitatifs et quantitatifs), où les perspectives quant à la vitalité des populations d'espèce ou des structures pour les habitats sont favorables et où les éléments écologiques intrinsèques des écosystèmes d'accueil ou les conditions géo-climatiques pour les habitats sont propices. Il est important de noter que l'évaluation de l'état de conservation inclut non seulement des éléments de diagnostic basés sur l'état présent, mais qu'elle considère également les perspectives et évolutions futures de cet état, basées sur des menaces prévisibles et évaluables. L'évaluation est réalisée en Europe selon un protocole commun et les critères utilisés pour le calcul de cet état de conservation sont présentés ci-dessous.

Figure 1 : Critères et paramètres d'évaluation de l'état de conservation des espèces et des habitats d'intérêt communautaire </strong> Figure 1 : Critères et paramètres d'évaluation de l'état de conservation des espèces et des habitats d'intérêt communautaire

La méthode est commune à l'ensemble des Etats membres de l'Union européenne et quatre catégories sont utilisées pour décrire l'état de conservation : favorable (FV), défavorable inadéquat (U1), défavorable mauvais (U2) et inconnu (XX).

Figure 2 : Les régions biogéographiques pour l'évaluation de l'état de conservation en France </strong> Figure 2 : Les régions biogéographiques pour l'évaluation de l'état de conservation en France

Il s'agit d'un processus biogéographique, où la plupart des données et l'évaluation de l'état de conservation sont renseignées par région biogéographique. En France, on retrouve 4 régions terrestres (atlantique, alpine, continentale et méditerranéenne) et deux régions marines (marine atlantique et marine méditerranéenne).

Evaluation de l'état de conservation des habitats d'intérêt communautaire au niveau du site Natura 2000

La transposition en droit français de l'article 6 de la DHFF prévoit également le suivi et l'évaluation de l'état de conservation des habitats et des espèces à l'échelle des sites Natura 2000 (articles R. 414-11 et R. 414-8-5 du code de l'Environnement). Dans ce contexte, le ministère en charge de l'écologie souhaite mettre en place des méthodes pour évaluer l'état de conservation des habitats de l'annexe I au sein des sites Natura 2000, afin de proposer une approche standardisée sur l'ensemble du territoire.

Une réflexion s'est engagée depuis 2008 au sein du Service du patrimoine naturel (SPN) afin de développer des méthodes normalisées faciles à mettre en œuvre, reproductibles et accessibles aux opérateurs de sites Natura 2000. Ces méthodes sont élaborées dans le cadre de partenariats avec des gestionnaires et des organismes scientifiques (ONF, CBN-FCBN, Universitaires, pôles relais…). L'objectif est de disposer d'un cadre factuel pour diagnostiquer l'état des composantes d'un site Natura 2000, connaitre son évolution et participer à la prise de décision concernant la gestion mise en œuvre et ainsi fournir des éléments scientifiques pour alimenter les réflexions des comités de pilotage (COPIL).

Ces méthodes sont accessibles sur la page suivante :

Documentation de l'évaluation de l'état de conservation

Evaluation des statuts et tendances des populations d'oiseaux sauvages (DO article 12)

La Directive Oiseaux s'applique à toutes les espèces d'oiseaux d'occurrence naturelle à l'état sauvage dans le territoire européen des Etats Membres. Comme le stipule son article 12, les Etats Membres doivent adresser à la Commission Européenne tous les trois ans depuis 1981 un rapport de synthèse sur les dispositions nationales (transpositions légales, implémentation technique) prises pour s'y conformer, avec notamment un volet sur la désignation des Zones de Protection Spéciale. En 2008 un nouveau système de rapportage ‘oiseaux' a été envisagé afin d'en améliorer la qualité tout en le synchronisant avec le rapportage réalisé dans le cadre de l'Article 17 de la Directive Habitats dont la périodicité est de six ans. Ceci impliquait d'une part de modifier la périodicité du rapportage ‘oiseaux', mais surtout d'ajouter au rapport de synthèse déjà évoqué, essentiellement descriptif des actions entreprises, un volet considérable plus axé sur les résultats à travers la fourniture de données sur l'état et les tendances des populations d'oiseaux.

La France constitue du fait de sa superficie et de sa position géographique (quatre domaines biogéographiques et plusieurs voies de migration) un des Etats Membres avec le plus d'espèces à traiter : 327 taxons devaient être évalués dans le cadre du rapportage dont 295 taxons nicheurs.

La méthodologie imposée par la Commission était de retenir pour les espèces nicheuses toutes les espèces sauvages y compris le cas échéant celles dont l'installation est récente ou les effectifs faibles, à l'exclusion des espèces nicheuses occasionnelles.

Le format de rapportage dédié aux espèces comprend huit sections : 1- information sur l'espèce, 2- taille de population, 3- tendance de population, 4- carte de répartition des nicheurs et taille de l'aire de répartition, 5- tendance de répartition en période de reproduction, 6- progrès des travaux relatifs aux Plans d'Action internationaux pour les espèces, 7- principales pressions et menaces, 8- couverture des Zones de Protection Spéciale (ZPS) et mesures de conservation.

Présentation des résultats des derniers rapportages

Evaluation de l'état de conservation à l'échelle des régions biogéographiques (DHFF article 17)

Pour ce second exercice (période 2007-2012), plus de la moitié des évaluations d'espèces présentent un état de conservation « défavorable » (31% inadéquat et 24% mauvais), 27% sont dans un état « favorable » et 18% en « inconnu ». Cette dernière catégorie concerne essentiellement les espèces marines, les lichens et certains invertébrés.

Trois quart des évaluations d'habitats sont défavorables (38% en « défavorable inadéquat » et 35% en « défavorable mauvais ») ce qui reste sensiblement similaire à l'exercice de 2007. 22% sont favorable et seulement 5% des évaluations sont « inconnu ».

Figure 3 : Résultats des évaluations d'espèce par régions biogéographiques

Comme en 2007, ce sont les régions biogéographiques atlantiques et continentales qui présentent les résultats les plus défavorables pour l'état de conservation de la faune et de la flore (plus de 70% en défavorable inadéquat et mauvais). Ces régions sont également les plus affectées au niveau européen. A contrario, la flore alpine et la faune méditerranéenne sont dans un bon état de conservation. Le manque de données et de connaissances explique la part importante d'évaluations inconnues pour les espèces marines (Marin méditerranéen : 67% ; Marin atlantique : 53%).

Figure 4 : Résultats des évaluations d'habitat par régions biogéographiques

Avec plus de 38 % d'habitats classés en mauvais état et le taux le plus faible d'habitats en situation favorable (7%), la région atlantique est la région biogéographique française la plus préoccupante. La région méditerranéenne présente une situation très contrastée, avec 47% de « défavorable mauvaise » et 24% d'évaluations favorables. La région continentale est également fortement affectée avec plus de 75 de ses habitats d'intérêt communautaire en état de conservation défavorable (inadéquat et mauvais). En revanche, la région alpine (qui concerne, en France, les massifs alpins et pyrénéens) montre la plus forte proportion d'évaluation favorable dans notre pays (42%).

Toutes régions confondues, les habitats marins et côtiers, les dunes, les tourbières et bas-marais ainsi que les habitats d'eaux douces sont les plus dégradés. Les formations herbeuses comptent également parmi les habitats les moins bien conservés, avec 13% seulement d'évaluations favorables. Les impacts de certaines pratiques agricoles, comme la déprise ou l'intensification, et ceux causés par l'urbanisation apparaissent comme les principaux facteurs de cette dégradation. La végétation des systèmes rocheux (éboulis, falaises) ainsi que les fourrées sclérophylles sont les types d'habitats qui se trouvent dans un état de conservation majoritairement favorable.

Evaluation des statuts et tendances des populations d'oiseaux sauvages (DO article 12)

Présentation des résultats du rapportage « Oiseaux » 2008-2012.

Le rapportage national au titre de la Directive Oiseaux pour la période 2008-2012 a mobilisé plus de 100 scientifiques et experts français. Les projets en cours ont été mis à contribution, notamment l’atlas des oiseaux de France métropolitaine 2009-2012, outil essentiel de connaissance des aires de répartition et de leur évolution, mais aussi source de données pour l’estimation des tailles de population. Nous donnons ci-dessous quelques résultats généraux concernant notre avifaune nicheuse :

Toutes espèces confondues, la population d’oiseaux nicheurs a pu être estimée entre 66 et 124 millions de couples. Les résultats des tendances d’effectifs à long terme donnent 89 taxons nicheurs en déclin (30%), 97 en augmentation (33%), 41 stables (14%), 14 fluctuants (5%) et 53 de tendance inconnue (18%). Les tendances d’effectifs et les tendances de distribution sont corrélées positivement.

Les tendances à long terme mettent en évidence un fort taux de déclin parmi les espèces relativement répandues, alors que les espèces plutôt localisées se portent globalement mieux. Alors que des augmentations conséquentes sont signalées chez certaines espèces méridionales, le sort d’espèces plus nordiques semble dans certains cas préoccupant. L’analyse des tendances d’effectifs selon la stratégie migratoire confirme la mauvaise situation des migrateurs longue distance en particulier sur le long terme. Quatre classes (quartiles de répartition) ont été définies sur un gradient allant des espèces les plus localisées jusqu’aux espèces les plus répandues.

Ciconia ciconia © INPN -Jean-Philippe Siblet

La figure 5 montre bien la rupture entre les espèces à répartition très locale dont les effectifs sont très variables (voir en particulier le 1er quartile) et les espèces pour lesquelles la répartition et les effectifs sont linéairement corrélés (voir les quartiles 3 et 4). Trois groupes d’espèces ont été distingués sur le graphe : A [bleu] : un groupe d’espèces coloniales à forts effectifs (>5000 c.) mais extrêmement localisées ; B [orange] : un groupe d’espèces à effectifs très réduits (<25 c.) ; C [vert] : un groupe d’espèces à la fois très bien réparties et très abondantes, comprenant les 10 espèces les plus abondantes (> 4 millions de c.) qui contribueraient à elles seules à 60 % du total des effectifs.

Fig. 5.- Relation entre l’aire de répartition en carrés de 10 km de côté et la taille de la population des espèces nicheuses exprimée en nombre de couples

Les données collectées dans le cadre du rapportage sont toutes associées à un indice de qualité (médiocre, moyenne et bonne). La répartition des classes de qualité de la tendance à court terme des effectifs en fonction de la rareté géographique met en évidence une relation en forme de cloche (figure 6). Les espèces très localisées présentent des estimations de tendance de bonne qualité. De même, dans une moindre mesure, les espèces très répandues qui montrent aussi très peu d’estimations de mauvaise qualité. Les espèces en situation intermédiaires, assez localisées à assez répandues, présentent des estimations de moins bonne qualité.

Fig. 6. – Qualité des estimations de tendance à court terme des effectifs selon le caractère répandu ou localisé des espèces (quartiles d’étendue de leur aire de répartition)

L’année 2015 a vu la création du Comité d’Estimation des Populations d’Oiseaux (CEPO), suite à une initiative du SPN. Ce comité a pour mission d’assurer une estimation régulière des effectifs d’oiseaux à partir des dispositifs de surveillance existants ainsi que de promouvoir des développements méthodologiques. Les partenaires associés ont tous contribué au premier rapportage de l’article 12 de la Directive Oiseaux, il s’agit (par ordre alphabétique) de : la Fédération Nationale des Chasseurs (FNC), le Groupement d’Intérêt Scientifique Oiseaux Marins (GISOM), la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO), le Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN/CRBPO et SPN), Oiseaux Migrateurs du Paléarctique Occidental (OMPO), l’Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS), l’Office National des Forêts (ONF) et la Société d’Études Ornithologiques de France (SEOF).

Les résultats nationaux du rapportage ont été utilisés dans le cadre de l’actualisation de la liste rouge des oiseaux nicheurs de France métropolitaine (projet en cours, publication prévue en 2016).

Les résultats du rapportage synthétisés au niveau européen ont permis en 2015 l’actualisation de la liste rouge européenne des oiseaux : 13% des 533 espèces européennes sont menacées selon BirdLife International BirdLife International ; dans l’Europe des 27, ce pourcentage est de 18% pour un total de 451 espèces.