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Amplicon sequencing of Tara Oceans RNA samples corresponding to size fractions for protists.
Description :
Seawater was filtered from different depths to retain small
and large cell sizes (Protist Organisms). The RNA was extracted, cDNA prepared
then amplified by PCR.
Link GBIF portal : https://www.gbif.org/dataset/a6480411-fc6c-41c9-bc52-6a6380f1d76e
Project :
Title : Amplicon sequencing of Tara Oceans RNA samples corresponding to
size fractions for protists.
Abstract :
Funding :
Contact : ()
Le jeu de données diffusé est issu d'un traitement automatique appliqué sur les données issues du GBIF. Les règles de l'INPN et plus globalement du SINP (en termes de périmètre et de contrôle sur les données) peuvent impliquer que l'ensemble des données du jeu source ne soit pas restitué dans le SINP.
The disseminated dataset stems from an automatic treatment applied to data coming from GBIF. INPN rules, and more generally SINP rules (in terms of perimeter and data quality controls) may imply that the whole of the source dataset might not be provided on the SINP platform.
Emprise géographique
Non renseigné
Contacts
Type
Organisme
Nom
Fournisseur
The French National Sequencing Center (Genoscope)
Producteur
The French National Sequencing Center (Genoscope)
Dates publication :
Premiere diffusion : 25/09/2019
Dernière mise à jour : 30/11/2023
Liste des espèces répertoriées :
Filtrer par Règne
Archaea
Bacteria
Chromista
Fungi
Plantae
Protozoa
Filtrer par Classe
Nitrososphaeria
Alphaproteobacteria
Bacilli
Balneolia
Betaproteobacteria
Cyanophyceae
Cytophagia
Deltaproteobacteria
Epsilonproteobacteria
Flavobacteria
Gammaproteobacteria
Holophagae
Oligoflexia
Opitutae
Phycisphaerae
Planctomycetacia
Saprospiria
Verrucomicrobiae
Aconoidasida
Bacillariophyceae
Bicoecea
Chlorarachnea
Chrysophyceae
Conoidasida
Cryptophyceae
Dictyochophyceae
Dinophyceae
Globothalamea
Goniomonadophyceae
Granofilosea
Gregarinomorpha
Heterotrichea
Katablepharidophyceae
Kinetofragminophora
Labyrinthulea
Litostomatea
Nassophorea
Oligohymenophorea
Oligotrichea
Pelagophyceae
Perkinsea
Phaeophyceae
Phyllopharyngea
Prostomatea
Prymnesiophyceae
Spirotrichea
Synurophyceae
Thecofilosea
Tubothalamea
Agaricomycetes
Agaricostilbomycetes
Chytridiomycetes
Dothideomycetes
Lecanoromycetes
Leotiomycetes
Malasseziomycetes
Chlorodendrophyceae
Chlorophyceae
Florideophyceae
Mamiellophyceae
Porphyridiophyceae
Pyramimonadophyceae
Trebouxiophyceae
Ulvophyceae
Choanoflagellatea
Discosea
Euglenoidea
Glissodiscea
Jakobea
Kinetoplastea
Myxomycetes
Picomonadea
Tubulinea
Filtrer par Ordre
Corticiales
Cystofilobasidiales
Gemmatales
Lentisphaerales
Polyporales
Tremellales
Haemospororida
Cantharellales
Agaricostilbales
Caulobacterales
Hyphomicrobiales
Kiloniellales
Kordiimonadales
Parvularculales
Rhizobiales
Rhodobacterales
Rhodospirillales
Rickettsiales
Sneathiellales
Sphingomonadales
Bacillariales
Biddulphiales
Chaetocerotanae incertae sedis
Corethrales
Coscinodiscales
Cymatosirales
Fragilariales
Hemiaulales
Leptocylindrales
Licmophorales
Melosirales
Naviculales
Rhaponeidales
Rhizosoleniales
Thalassionematales
Thalassiophysales
Thalassiosirales
Triceratiales
Bacillales
Lactobacillales
Balneolales
Burkholderiales
Neisseriales
Anoecida
Bicoecida
Chlorachniida
Chlorodendrales
Chaetophorales
Volvocales
Acanthoecida
Craspedida
Chromulinales
Chytridiales
Eucoccidiorida
Pyrenomonadales
Chroococcales
Oscillatoriales
Synechococcales
Cytophagales
Desulfarculales
Desulfobacterales
Desulfovibrionales
Myxococcales
Syntrophobacterales
Dictyochales
Pedinellales
Pinguiochrysidales
Blastodiniales
Coccidiniales
Dinophyceae incertae sedis
Dinophysiales
Gonyaulacales
Gymnodiniales
Noctilucales
Oxyrrhinales
Peridiniales
Prorocentrales
Pyrocystales
Suessiales
Syndiniales
Tovelliales
Centramoebida
Vannellida
Dothideales
Pleosporales
Campylobacterales
Eutreptiida
Flavobacteriales
Ceramiales
Corallinales
Gelidiales
Gracilariales
Acidithiobacillales
Aeromonadales
Alteromonadales
Arenicellales
Cellvibrionales
Chromatiales
Enterobacterales
Enterobacteriales
Legionellales
Nevskiales
Oceanospirillales
Pasteurellales
Pseudomonadales
Thiotrichales
Vibrionales
Xanthomonadales
Ancyromonadida
Rotaliida
Goniomonadales
Leucodictyida
Archigregarinorida
Heterotrichida
Acanthopleuribacterales
Jakobida
Katablephariales
Apostomatida
Eubodonida
Parabodonida
Trypanosomatida
Labyrinthulida
Thraustochytrida
Umbilicariales
Helotiales
Cyclotrichiida
Haptorida
Malasseziales
Mamiellales
Stemonitales
Microthoracida
Nitrosopumilales
Bdellovibrionales
Peniculida
Philasterida
Pleuronematida
Sessilida
Choreotrichida
Oligotrichida
Puniceicoccales
Perkinsida
Dictyotales
Ishigeales
Laminariales
Phycisphaerales
Chlamydodontida
Dysteriida
Endogenida
Exogenida
Picomonadida
Planctomycetales
Porphyridiales
Prorodontida
Isochrysidales
Phaeocystales
Prymnesiales
Pyramimonadales
Saprospirales
Euplotida
Protocruziida
Synurales
Phaeodendrida
Phaeosphaerida
Chlorellales
Oocystales
Miliolida
Euamoebida
Cladophorales
Ulvales
Verrucomicrobiales
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Dermocystidae
Oxytrichidae
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Trachelostylidae
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Acidithiobacillaceae
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Agaricostilbaceae
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Colwelliaceae
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Pseudoalteromonadaceae
Ancyromonadidae
Caecitellidae
Foettingeriidae
Pseudocolliniidae
Selenidiidae
Arenicellaceae
Staphylococcaceae
Bacillariaceae
Balneolaceae
Bdellovibrionaceae
Bicosoecaceae
Cafeteriaceae
Biddulphiaceae
Blastodinidae
Paradinophycidae
Burkholderiaceae
Campylobacteraceae
Helicobacteraceae
Botryobasidiaceae
Hyphomonadaceae
Maricaulaceae
Cellvibrionaceae
Halieaceae
Spongiibacteraceae
Acanthamoebidae
Ceramiaceae
Rhodomelaceae
Chaetocerotaceae
Chaetophoraceae
Lynchellidae
Chlorarachniaceae
Chlorellaceae
Chlorodendraceae
Codonellidae
Metacylididae
Rhabdonellidae
Strobilidiidae
Strombidinopsidae
Tintinnidae
Xystonellidae
Chromatiaceae
Ectothiorhodospiraceae
Thioalkalispiraceae
Chromulinaceae
Dinobryaceae
Paraphysomonadaceae
Microcystaceae
Chytriomycetaceae
Cladophoraceae
Chytriodiniaceae
Corallinaceae
Corethraceae
Corticiaceae
Hemidiscaceae
Salpingoecidae
Mesodiniidae
Cymatosiraceae
Cystofilobasidiaceae
Reichenbachiellaceae
Desulfarculaceae
Nitrospinaceae
Desulfovibrionaceae
Dictyochaceae
Dictyotaceae
Amphidomataceae
Dinophysaceae
Dinophysiaceae
Saccotheciaceae
Dysteriidae
Plesiotrichopidae
Acinetidae
Erwiniaceae
Yersiniaceae
Enterobacteriaceae
Hartmannellidae
Bodonaceae
Sarcocystidae
Aspidiscidae
Euplotidae
Astasiaceae
Ephelotidae
Paracinetidae
Cryomorphaceae
Flavobacteriaceae
Fragilariaceae
Gelidiaceae
Gemmataceae
Goniomonadaceae
Ceratiaceae
Ceratocoryaceae
Goniodomataceae
Gonyaulacaceae
Pyrophacaceae
Gracilariaceae
Gymnodiniaceae
Kareniaceae
Ptychodiscaceae
Warnowiaceae
Plasmodiidae
Didiniidae
Sclerotiniaceae
Hemiaulaceae
Peritromidae
Cohaesibacteraceae
Kaistiaceae
Rhizobiaceae
Xanthobacteraceae
Ishigeaceae
Isochrysidaceae
Noelaerhabdaceae
Jakobidae
Katablepharidaceae
Kiloniellaceae
Kordiimonadaceae
Labyrinthulaceae
Streptococcaceae
Laminariaceae
Coxiellaceae
Legionellaceae
Lentisphaeraceae
Leptocylindraceae
Massisteriidae
Licmophoraceae
Malasseziaceae
Bathycoccaceae
Mamiellaceae
Stephanopyxidaceae
Discotrichidae
Soritidae
Nannocystaceae
Naviculaceae
Pleurosigmataceae
Sellaphoraceae
Chromobacteriaceae
Neisseriaceae
Salinisphaeraceae
Nitrosopumilaceae
Kofoidiniaceae
Noctilucaceae
Alcanivoracaceae
Hahellaceae
Halomonadaceae
Litoricolaceae
Strombidiidae
Tontoniidae
Oocystaceae
Microcoleaceae
Oxyrrhinaceae
Bodonidae
Parvularculaceae
Pasteurellaceae
Pedinellaceae
Frontoniidae
Parameciidae
Heterocapsaceae
Oxytoxaceae
Peridiniaceae
Pfiesteriaceae
Protoperidiniaceae
Perkinsidae
Phaeocystaceae
Coelodendridae
Aulosphaeridae
Cinetochilidae
Orchitophryidae
Philasteridae
Pseudocohnilembidae
Uronematidae
Phycisphaeraceae
Picomonadidae
Pinguiochrysidaceae
Planctomycetaceae
Didymellaceae
Pleosporaceae
Cyclidiidae
Pleuronematidae
Meruliaceae
Phanerochaetaceae
Porphyridiaceae
Prorocentraceae
Colepidae
Holophryidae
Protocruziidae
Chrysochromulinaceae
Prymnesiaceae
Moraxellaceae
Pseudomonadaceae
Puniceicoccaceae
Pyramimonadaceae
Geminigeraceae
Pyrenomonadaceae
Pyrocystaceae
Rhaphoneidaceae
Aurantimonadaceae
Bradyrhizobiaceae
Hyphomicrobiaceae
Methylobacteriaceae
Methylocystaceae
Phyllobacteriaceae
Rhodobiaceae
Rhizosoleniaceae
Rhodobacteraceae
Acetobacteraceae
Rhodospirillaceae
Anaplasmataceae
Rickettsiaceae
Calcarinidae
Candeinidae
Globigerinidae
Globorotaliidae
Nummulitidae
Rotaliidae
Saprospiraceae
Vorticellidae
Sneathiellaceae
Erythrobacteraceae
Sphingomonadaceae
Stemonitidaceae
Suessiaceae
Symbiodiniaceae
Syndiniaceae
Leptolyngbyaceae
Syntrophaceae
Mallomonadaceae
Thalassionemataceae
Catenulaceae
Stephanodiscaceae
Thalassiosiraceae
Thiotrichaceae
Aplanochytriidae
Thraustochytriaceae
Tovelliaceae
Tremellaceae
Triceratiaceae
Trypanosomatidae
Ulvaceae
Umbilicariaceae
Vannellidae
Verrucomicrobiaceae
Vibrionaceae
Chlamydomonadaceae
Xanthomonadaceae
Nom scientifique
CD_NOM
Règne
Classe
Ordre
Famille
Date première observation
Date dernière observation
Fiche
Chiffres clés :
1283 données
37 espèces
37 taxons
Répartition des données par groupes taxonomiques :
Groupes vernaculaires de premier ordre
Groupes vernaculaires de second ordre
Répartition temporelle: