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The 28S ribosomal RNA targeted loci project is a RefSeq curated data set sourced from INSDC records. At a minimum the sequence contains the hyper variable D1/D2 region and each record contain a collection identifier (predominantly type material) from a public collection. The presence of the 28S signature has been verified by the ribovore pipeline (https://github.com/nawrockie/ribovore) using hidden Markov and covariance models. Other verification steps for example checking for vector sequences, too many ambiguous nucleotides, and misassembled sequences are also included. LSU RefSeq accessions (NG_ ) include sequences mostly obtained from type specimens and a few from reference specimens. Type and reference identifiers are curated by NCBI Taxonomy. The collection source of type material is indicated in each record and collection acronyms follows the collection codes maintained at https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biocollections/. All sequences will have the same project ID and can be found as such. Database URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA51803.
Link GBIF portal : https://www.gbif.org/dataset/bf3f09bd-3af6-45be-a2c4-bd5c285cab8a
Mots-clés
Non renseigné
Domaine
continental
marin
Protocole
Non renseigné
Emprise géographique
Contacts
Type
Organisme
Nom
Fournisseur
National Center for Biotechnology Information
ROBBERTSE Barbara
Fournisseur
PATRINAT (OFB-MNHN-CNRS-IRD)
Dates publication :
Premiere diffusion : 14/03/2023
Dernière mise à jour : 14/03/2023
Liste des espèces répertoriées :
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Nom scientifique
CD_NOM
Règne
Classe
Ordre
Famille
Date première observation
Date dernière observation
Fiche
Chiffres clés :
3 données
3 espèces
3 taxons
Répartition des données par groupes taxonomiques :