La ZNIEFF de la "Crique Arataye" (type II) couvre tout le cours inférieur de cette rivière, sur une trentaine de kilomètres en amont de sa confluence avec le fleuve Approuague. Elle est incluse dans la ZNIEFF de type II des "Nouragues" qui complète la mise en valeur de cette rivière jusqu'à ses sources près du Pic Matécho.
Les habitats concernés par cette ZNIEFF sont très variés et intègrent tous les biotopes liés aux grandes rivières de l'intérieur guyanais : forêts ripicoles, forêts inondables, forêts basses des îlots rocheux, clairières inondables, sauts et rochers émergés.
Plus de soixante espèces végétales déterminantes, rares ou endémiques de Guyane, sont inventoriées sur ce bassin versant.
Dans cette ZNIEFF, la végétation liée aux sauts rocheux des rivières est particulièrement remarquable. Les principaux seuils de la rivière Arataye (Saut Couy, Saut Japigny, Saut Pararé) sont souvent de fort dénivelé et avec une multitude de diverticules et d'îlets riches en plantes épiphytes. Les rochers émergeant de l'eau sont colonisés par plusieurs espèces de Podostemaceae dont la plus spectaculaire et la plus commune est la "salade-coumarou" (Mourera fluviatilis), immergée une grande partie de l'année. Ces grands sauts permettent l'implantation d'une flore typique et caractéristique de ces habitats, ainsi que d'une faune exigeante restreinte à ces biotopes rares en Guyane : Engoulevent trifide (Hydropsalis climacocerca), Hirondelle des torrents (Atticora melanoleuca) et Onoré fascié (Tigrisoma fasciatum).
La Loutre géante (Ptenorura brasiliensis) est très bien représentée sur ce secteur ripicole et profite manifestement de ces zones torrentueuses riches en poissons. Les tapirs et les jaguars sont également bien représentés dans le secteur ripicole.
Les inventaires ichthyologiques réalisés dans la crique Arataye ont en effet révélé une faune aquatique diversifiée et riche. De nombreuses espèces déterminantes y ont été dénombrées dont notamment des espèces endémiques du bassin de l'Approuague, telles Creagrutus planquettei, Moenkhausia aff. grandisquamis, Corydoras approuaguensis, Lithoxus boujardi.
La richesse herpétologique de ce site s'exprime à travers la présence de nombreuses espèces déterminantes d'amphibiens : Atelopus flavescens, Pipa aspera, Hypsiboas dentei, Hypsiboas ornatissimus, Scinax proboscideus, Scinax sp.1, Rhinella lescurei, Dendrobates tinctorius, Allobates granti.
La forêt ripicole, étendue sur la totalité de ce linéaire est composée par des espèces particulièrement adaptées à ce milieu : les " wapas " (E. falcata et E. schomburgkiana, Caesalpiniaceae), beaucoup d'espèces d'Inga (Mimosaceae), le " moutouchi-marécage " Pterocarpus officinalis (Fabaceae), aux larges contreforts rubanés, le " yayamadou-marécage" (Virola surinamensis) ou encore le " moucou-moucou " (Montrichardia arborescens, Araceae) et le " Cacao sauvage " (Pachyra aquatica, Bombacaceae).
La forêt inondable liée aux terrains mal drainés est concentrée essentiellement au niveau des bas-fonds. Quelques espèces arborescentes y sont bien adaptées telle Symphonia globulifera et Virola surinamensis ou encore le Palmier pinot (Euterpe oleracea). Dans ce milieu contraignant (conditions asphyxiantes du sol), les plantes monocotylédones et les fougères sont nombreuses. Les plantes épiphytes monocotylédones sont assez nombreuses par ailleurs dans les pinotières, notamment les orchidées.
La station de recherche implantée au pied du saut Pararé permet l'accueil de nombreux scientifiques et la réalisation de multiples études sur la faune et la flore du secteur.
Les activités liées à l'orpaillage illégal menacent cette ZNIEFF, notamment en ce qui concerne la chasse des grands vertébrés ainsi qu'au niveau des rejets polluants dans la crique par les petits affluents.
La ZNIEFF englobe une zone de 200m autour de la crique Arataï sur sa portion entre son embouchure (point A) et son intersection avec la limite commune des zonages de type II "Saül" et de type I "Pic Matécho et Monts La Fumée" (point B). Le zonage inclut également une zone de 100m de rayon autour des tours COPAS.
Coordonnées des points mentionnés (WGS84, UTM 22 Nord):
A (326737m; 440473m) - B (282088m; 421355m)
COPAS W (313855m; 447008m) - COPAS E (314060m; 446998m) - COPAS S (313966m; 446841m)