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Vaste entité de très grand intérêt écologique, cette plaine alluviale constitue la plus importante et la plus riche zone humide d'Île-de-France. Ce fond de vallée, large et à faible pente, a permis à la Seine de divaguer, formant un chevelu de cours d'eau, se déplaçant régulièrement dans sa vallée en abandonnant ses lits et donnant naissance à un réseau de noues.
Protégée au niveau national et européen (reconnue et inventoriée en ZICO, une partie classée en Réserve naturelle nationale, site Natura 2000, etc.), la Bassée abrite un minimum de 100 espèces déterminantes.
Elle accueille notamment l'une des rares forêts alluviales françaises, qui se caractérise par l'une des plus importantes populations européennes de Vigne sauvage.
Par ailleurs, des espaces prairiaux y subsistent : ces habitats renferment des espèces végétales en limite d'aires telles que l'Ail anguleux, pour laquelle la Bassée constitue une des rares stations d'Île-de-France. Ces mêmes prairies abritent d'intéressantes populations d'Orthoptères, notamment des espèces typiques des zones humides particulièrement remarquables pour la région (Criquet ensanglanté, Conocéphale des roseaux, Conocéphale gracieux).
Sur le plan avifaunistique, diverses populations nicheuses sont remarquables pour la région, notamment le Fuligule morillon, la Grive litorne, la Pie-grièche écorcheur, les Sternes pierregarin et naine, le Milan noir, la Mouette mélanocéphale...
La Bassée représente aussi une des principales zones d'hivernage d'oiseaux d'eau d'Île-de-France.
C'est également une vallée très riche du point de vue odonatologique avec en particulier les sites de reproduction de la Cordulie à corps fin (protégée en France et inscrit à l'annexe II de la directive "Habitat").
Outre un intérêt de continuité écologique, la Bassée et ses zones humides jouent également un rôle fondamental pour le recueil et l’autoépuration des eaux, la réalimentation des cours d’eau et des nappes phréatiques, ou bien encore la prévention des inondations. Malgré les statuts de protection existants, ce territoire demeure fragile et doit faire l'objet d'une veille continue sur l'évolution de l'exploitation de carrières en pleine zone d'intérêt écologique, l'industrialisation et l'urbanisation sur des zones à fort intérêt, l'évolution des pratiques agricoles, ou encore la mise en place de projets d'aménagements hydrauliques d'envergure (Casiers, canal à grand gabarit), susceptibles d'altérer durablement la fonctionnalité de la Bassée.
Les limites de la ZNIEFF essaient de prendre en considération l'ensemble des habitats et espèces remarquables en incluant tous les secteurs d’intérêt écologique et les milieux connexes qui jouent un rôle reconnu in situ auprès de la faune et de la flore.
