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La Vallée de l’Essonne de Buthiers à la Seine se démarque par sa richesse en zones humides composées de prairies humides, de roselières, d’étangs et canaux, de boisements humides ainsi que de marais. Certains secteurs sont particulièrement riches en tourbe notamment sur les communes de Mennecy et Maisse. On notera une richesse écologique exceptionnelle pour le département dans les marais de Fontenay-le-Vicomte et Misery classés en E.N.S. et vitrines du Conseil général de l’Essonne.
On retrouve dans ces milieux des plantes à fort intérêt patrimonial avec l’Oenanthe de Lachenal (Oenanthe lachenalii), le Mouron délicat (Anagallis tenella), le Peucédan des marais (Peucedanum palustre), la Véronique faux-mouron (Veronica anagalloides) ou encore la Fougère des marais (Thelypteris palustris).
Les roselières attirent de nombreux oiseaux rares pour la région tels que le Phragmite des joncs (Acrocephalus schoenabaenus), la Bouscarle de cetti (Cettia cetti), le Blongios nain (Ixobrychus minutus), la Rousserolle turdoïde (Acrocephalus arundinaceus) ainsi que les Sarcelles d'été et d'hiver (Anas querquedula et Anas crecca). Quelques insectes patrimoniaux se développent dans ces secteurs humides tels que la Grande Aeschne (Aeschna grandis), le Criquet ensanglanté (Stethophyma grossum), la Courtilière commune (Gryllotalpa gryllotalpa), la Petite violette (Clossiana dia) ou encore la Noctuelle typique (Naenia typica),
Une carrière, quelques coteaux avec prairies sèches et des boisements thermophiles sont aussi présents sur la rive Est. On y trouvera en tant qu’espèces d’intérêt écologique : l'Hutchinsie (Hornungia petraea), l'Orobanche de la germandrée (Orobanche teucrii), l'Armoise champêtre (Artemisia campestris), le Limodore à feuilles avortées (Limodorum abortivum) pour les plantes ainsi que par exemple le Criquet des pins (Chorthippus vagans) et le Petit agreste (Arethusana arethusa) pour les insectes.
Les secteurs humides sont principalement menacés par l’urbanisation (fréquentation excessive, pêche avec cabanons, camping) et leur assèchement. L’arrêt de pratique pastorale engendre une fermeture progressive des milieux ouverts.
