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La zone humide de Vaugien, qui relie le fond de la Vallée de l'Yvette de Saint-Rémy-lès-Chevreuse à Courcelles-sur-Yvette, constitue un vaste ensemble de friches hygrophiles et de boisements alluviaux et marécageux. Le degré important de fermeture du milieu sous l'effet du boisement spontané constitue aujourd'hui une véritable menace pour ce site. Néanmoins, le site est encore d'un grand intérêt écologique en abritant plusieurs espèces animales et végétales protégées et de nombreuses espèces assez rares à très rares dans notre région.
L'intérêt floristique assez fort du site est principalement lié à la présence d'un cortège de fougères remarquables pour la région avec notamment le Polystic à aiguillons (protégée régionale) (Polystichum aculeatum) et le Polystic à soies (rare) (Polysticum setiferum), fougères caractéristiques des forêts neutrophiles qui se développent dans les secteurs de ravins et sur les berges ombragées des ruisseaux, ou encore le Dryoptéris écailleux (Dryopteris affinis subsp.borreri), autre fougère rare des sous-bois frais de feuillus. Dans les friches humides, le Bident à fruits noirs (R) (Bidens frondosa), petit thérophyte naturalisé originaire d'Amérique, se développe ici sur les vases exondées des berges et des fossés. Sur les terrains les plus secs situés en périphérie du site, on peut observer la Véronique filiforme (R) (Veronica filiformis) originaire d'Asie, ici probablement échappée des jardins avoisinants.
D'autres espèces végétales des milieux humides et peu fréquentes en région Ile-de-France ont également été observées sur le site : l'Herbe aux goutteux (Aegopodium podagraria), la Petite Berle (Berula erecta), le Souchet brun (Cyperus fuscus), les Cardamines amère et flexueuse (Cardamine amara, Cardamine flexuosa), le Millepertuis anguleux (Hypericum maculatum subsp.obtusisuculum) et le Myosotis cespiteux (Myosotis cespitosa).
On soulignera enfin que les aulnaies tourbeuses du site présentent des caractéristiques écologiques favorables à la très rare Lathrée clandestine (protégée régionale) même si l'espèce n'a pas encore été observée sur ce secteur de l'Yvette.
Parmi les oiseaux qui fréquentent le site, on citera la présence du Râle d'eau (AR), espèce caractéristique des zones de marais, observé à plusieurs reprises dans la queue tourbeuse de l'étang de Vaugien. La récente remise en pâturage du site à la Bécassine des marais (ancienne hivernante régulière) un terrain de nourrissage adéquat. La zone est également fréquentée par la Bergeronnette des ruisseaux et par le Martin-pêcheur d'europe.
Sur le plan entomologique, la zone humide de Vaugien s'avère être d'une richesse exceptionnelle avec la présence de plusieurs espèces protégées et de nombreuses espèces très rares dans la région dont certaines n'avaient pas été revues depuis plusieurs décennies. On observe en effet sur ce site de nombreux coléoptères rares des milieux humides comme la Panagée grande-croix (Panageux crux-major) carabique des milieux tourbeux et protégé en Ile-de-France, le rarissime charançon Baris analis qui vit au collet basal de la Pulicaire dysentérique et qui n'avait pas été signalé depuis plus d'un demi-siècle, les carabiques Anisodactylus signatus et Lebia crux-minor qui sont au bord de l'extinction en Ile-de-France, ou encore le Cténicère tesselé (Actenicerus sjaelandicus), taupin des zones humides rarement observé depuis plusieurs années. Dans les boisements, de nombreuses sources et suintements constituent l'habitat de prédilection du Cordulégastre annelé, odonate protégé en Ile-de-France, observé régulièrement en plusieurs endroits du site. Ces friches humides à hautes herbes et mégaphorbiaies sont également l'habitat de plusieurs papillons intéressants comme le Sphinx de l'Epilobe (Proserpinus proserpina), espèce protégée au niveau national, l'Ecaille marbrée-rouge (Callimorpha dominula), espèce rare et protégée en Ile-de-France mais particulièrement abondante sur ce site, et le Nacré de la Sanguisorbe (Brenthis ino), hôte caractéristique des prairies marécageuses qui est en forte régression dans notre région depuis plusieurs décennies.
Les grandes friches humides abritent par ailleurs de nombreux autres insectes peu fréquents comme les charançons Lixus (Lixus vilis, Lixus iridis) dont les larves minent les tiges de Bec-de-cigogne et de Grande Berce, l'Alophe à trois gouttes (Alophus triguttatus), autre charançon encore assez répandu dans les zones humides du massif de Rambouillet mais qui aurait pratiquement disparu du reste de l'Ile-de-France, le Scaphidema metallicum, petit ténébrionide que l'on rencontre dans le bois mort ou dépérissant des boisements alluviaux aux côtés de la très rare Vrillette de Latreille (Ochina latreilli), le Plateumaris consimilis, donacie des cariçaies en voie de raréfaction, le Crache-sang (Timarcha tenebricosa), grosse chrysomèle qui affectionne les Gaillets, ou encore des carabiques caractéristiques des prairies inondables comme le Drypte échancré (Drypta dentata) et la Lébie à tête verte (Lebia chlorocephala). On doit également mentionner l'existence d'une population de Libellules fauves (Libellula fulva) au niveau de l'étang de Vaugien. Toujours localisée, cette libellule affectionne les étangs forestiers ceinturés par des groupements de grandes laîches. Elle côtoie ici l'Agrion de Vander Linden (Cercion lindenii), petit zygoptère qui affectionne les plans d'eau bien pourvus en hydrophytes à feuilles flottantes..
Aux côtés de la Mante religieuse (Mantis religiosa), espèce thermophile protégée en Ile-de-France, il faut signaler la présence de l'Hespérie de l'Alcée (Carcharodus alceae), dont la chenille se développe sur les Mauves et qui semble relativement abondante sur les prairies de la glacière.
On mentionnera enfin la présence de l'Ecaille chinée (Euplagia quadripunctata), papillon nocturne inscrit à l'annexe II de la Directive " Habitats ", qui reste toutefois relativement commun sur l'ensemble du massif de Rambouillet.
La délimitation proposée tient compte de la répartition des espèces remarquables, des habitats qui leur sont associés et de la fonctionnalité de cette zone humide de fond de vallée (écrêtage des crues, entité écologique cohérente). Un zonage polynucléaire est proposé afin d'exclure au maximum les secteurs urbanisés et anthropisés (route, axe ferroviaire). Au niveau cartographique, lorsque la limite du zonage est calée sur le cours de la rivière ou celui d'un réseau secondaire (ancien bief), le lit du cours d'eau est systématiquement inclus dans la znieff.
