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L'Île Saint-Denis est située à l'extrême nord-ouest du département de la Seine-Saint-Denis, à la frontière avec les Hauts-de-Seine et le Val-d'Oise. C'est à la fois une commune et, comme son nom l'indique, une zone insulaire de 6300 mètres de long sur le cours de la Seine. L'île est insérée dans un méandre du fleuve en aval de Paris (sa plus grande largeur mesure moins de 300 mètres).
A peine un quart de l'île est occupé par la Ville de L'Île Saint-Denis proprement dite. Un tiers environ est réservé aux activités industrielles et commerciales. Une troisième portion est occupée par le Parc Départemental, d'une longueur de 1 600 mètres. Les 900 derniers mètres en aval du pont d'Epinay sont en partie utilisés par une société de travaux publics, le reste n'étant pas aménagé. Le pont de chemin de fer, entre la route et la pointe de l'île, marque une limite physique entre la Zone d'exploitation par l'entreprise et le secteur abandonné. D'une superficie totale de 8 ha depuis le Pont d'Epinay, dont 3 ha au-delà de la voie SNCF, la pointe aval de l'île est couverte d'une végétation spontanée herbacée devenant assez haute, entourée par une ceinture arborée sur les berges. Cette dernière est composée de feuillus de haut port, comprenant surtout des érables et des peupliers.
La pointe aval de L'Ile-Saint-Denis possède un caractère écologique marqué par son insularité. Entourée par deux bras de la Seine de plusieurs dizaines de mètres de large, bénéficiant d'un très bon isolement et d'une fréquentation limitée, ce terrain possède des atouts en termes de zone refuge pour les oiseaux. Ce site est un important dortoir hivernal à Grand Cormoran (Phalacrocorax carbo). En moyenne, 250 à 300 cormorans stationnent sur les grands arbres de la pointe en hiver. Cette espèce est déterminante pour la création de ZNIEFF à partir de 300 individus (dortoir).
Ce site représente jusqu'à 15% de la population hivernante francilienne. II est considéré comme l'un des 10 plus importants dortoirs de la région. Le Grand Cormoran connaît depuis le début des années 1990 une forte croissance de ses effectifs. Rare en Île-de-France jusqu'en 1988, la population actuelle dépasse aujourd'hui les 6 000 individus en hiver et une soixantaine de couples ont, en quelques années, adopté des plans d'eau de la région pour se reproduire. Les données de l'Île Saint-Denis sont assez conformes à la tendance régionale : les premières mentions datent de l'hiver 1994-95 avec une centaine d'individus présents, puis la population s'est accrue les hivers suivants. La tendance régionale reflète elle-même les évolutions nationales. La démographie de cette espèce semble désormais se stabiliser.
Le Martin-pêcheur d’Europe (Alcedo atthis) est régulièrement observé sur le site. La reproduction a été constatée certaines années. L'individu observé en 2009 est considéré comme en nidification possible mais pas prouvée. Cette espèce est déterminante pour la création de ZNIEFF à partir de 5 couples.
Au sein de cette ZNIEFF, une espèce d’oiseaux présente des enjeux sur la ZPS : le Faucon crécerelle (Falco tinnunculus) qui niche sur le site (un individu nicheur observé en 2003).
Les grands arbres de la berge accueillent, outre les cormorans, une importante population hivernante de Pigeons colombins (Columba œnas). Ce pigeon, beaucoup moins fréquent que les Pigeons bisets (Columba livia, dont les pigeons urbains sont issus par domestication) et ramiers (Columba palumbus), est considéré comme « peu commun » en Île-de-France.
Globalement, la végétation du site se repartit d'une part en plantes typiques des berges de fleuves et d'autre part en plantes rudérales héliophiles. Parmi les plantes recensées, 7 espèces méritent une attention particulière en raison de leur rareté : Nepeta cataria (très rare en Île-de-France), Dittrichia graveolens (rare), Reseda alba (rare), Artemisia annua (assez rare), Fallopia dumetorum (assez rare), Datura stramonium (assez commune) et Erysimum cheiranthoides (assez commune). La Menthe pouliot (Mentha pulegium), rare et déterminante ZNIEFF, a été signalée sur la pointe aval du site en 2001 par Sébastien FILOCHE (CBNBP). Elle n’a pas été observée depuis. Cette ZNIEFF héberge également le Torilis noueux (Torilis nodosa), espèce déterminante sous condition. Cette plante annuelle a été recensée dans le Parc Départemental au sein des pelouses urbaines, habitats que le Torilis noueux affectionne particulièrement puisqu'il s'accommode des contraintes de la tonte et du piétinement.
Sur la Seine, ce sont les premières berges peu anthropiques que l'on peut trouver en aval de Paris.
En l'état actuel et en faisant abstraction du projet d'aménagement, l'isolement et la tranquillité du site ne semblent pas menacés. En revanche, la flore risque de se banaliser en raison de la progression des plantes exotiques et des ligneux. Les dégradations majeures au sein de la ZNIEFF sont dues à la colonisation par deux plantes invasives avérées : l'Ailante (Ailanthus altissima) et le Robinier faux-acacia (Robinia pseudoacacia). A l'instar de nombreux sites recouverts de déblais et de gravats, la végétation pionnière comporte un certain nombre d'espèces exotiques potentiellement envahissantes. En l'occurrence, deux plantes sont également à surveiller étroitement : l'Arbre aux papillons (Buddleja davidii) et la Renouée du Japon (Reynoutria japonica).
Dans l'hypothèse d'un projet d'aménagement du site, la préservation de l'habitat hivernal du Grand Cormoran et la pérennisation du cortège végétal et des espèces remarquables pourraient devenir des objectifs prioritaires.
La conservation de l'habitat du Grand Cormoran doit passer par la sauvegarde du linéaire boisé, constitué de grands arbres sur lesquels les oiseaux viennent se percher, et par le maintien de la tranquillité des lieux.
Le cortège floristique du site semble étroitement dépendant du substrat minéral, constitue de gravats. Dans l'hypothèse où le projet d'aménagement de la pointe intégrerait la conservation de cette flore, la pérennisation de ces conditions écologiques serait impérative.
Le périmètre de la ZNIEFF correspond à la pointe aval de l'Île Saint-Denis. A l'est, il est calé sur la limite ouest du Parc Départemental de l'Île Saint-Denis. Sur le reste du linéaire, il est établi sur la limite de commune au sein du fleuve.
