Cette ZNIEFF correspond à l’extrémité occidentale du Bois de la Commanderie, au nord du village de Larchant. A une échelle plus large, il se situe à l’interface d’un vaste plateau agricole du Gâtinais français à quelques kilomètres en retrait de la vallée du Loing. La cohérence de ce site est basée sur sa topographie, elle-même liée à une géologie particulière mêlant sables de Fontainebleau et grès reposant sur le calcaire de Brie. Son relief alterne entre buttes, chaos et plaines majoritairement boisés de Pin sylvestre. Toutefois, des boisements entrecoupés de jachères ont été intégrés afin de prendre en compte deux espèces remarquables. Cet ensemble présente un grand intérêt floristique et favorise l’expression d’une flore caractéristique de divers types de pelouses, qui forment des mosaïques au sein des boisements, souvent le long de chemins en contexte de lisière : pelouses sèches sur sables acides et sablo-calcicoles pionnières riches en annuelles, ou plus ou moins fixées sur affleurements de sables siliceux et pelouses calcicoles sèches, Ainsi, 32 espèces floristiques déterminantes ont été inventoriées, dont 10 sont menacées en Île-de-France ;
- Le Xéranthème fétide (Xeranthemum cylindraceum) considéré comme en danger critique d’extinction et dont le site abrite les seules populations franciliennes ;
- L’Odontite de Jaubert (Odontites jaubertianus) et la Bugrane naine (Ononis pusilla), considérés comme en danger ;
- La Spargoute printanière (Spergula morisonii), l’Alysson à calice persistant (Alyssum alyssoides), l’Orchis bouffon (Anacamptis morio.), l’Armoise champêtre (Artemisia campestris), le Barbon pied-de-poule (Bothriochloa ischaemum), la Porcelle glabre (Hypochaeris glabra) et la Vesce fausse Gesse (Vicia lathyroides), classés vulnérables.
Au total, quatre espèces protégées sont répertoriées, dont deux à l’échelle nationale, l’Alisier de Fontainebleau (Sorbus latifolia), arbre emblématique du massif du même nom et du Gâtinais, et l’Odontite de Jaubert, dont l’extrême sud de la Seine-et-Marne constitue le seul noyau francilien de populations. Cette espèce, dont plusieurs populations sont connues dans la partie nord du site, est liée aux lisières en contexte le plus souvent agricole et est souvent potentiellement menacée dans ses stations. Les deux autres espèces, l’Amélanchier (Amelanchier ovalis) et le Barbon pied-de-poule, bénéficient d’une protection à l’échelle régionale.
Les autres milieux, essentiellement des boisements secs résineux, présentent peu d’intérêt floristique. En revanche, les landes atlantiques sèches (Calluno vulgaris - Ericetum cinereae), présentes sous forme de mosaïques avec les boisements, sont déterminantes Znieff, tout comme les pelouses annuelles sur sables acides (Thero-Airion), les pelouses pionnières sur sables mobiles (Miboro minimae - Corynephorion canescentis) et les ourlets calcicoles mésophiles (Trifolion medii), dont la présence est quant à elle beaucoup plus ponctuelle.