La ZNIEFF des étangs du Bois du Perchois regroupe trois étangs peu éloignés et bien représentatifs des plans d'eau de la Champagne humide : l'Etang du Larris, l'Etang du Perchoi et l'Etang Colin.
Leur substrat argilo-sableux et leurs eaux mésotrophes conditionnent le développement d'une végétation originale :
- groupements aquatiques (herbiers à potamots, tapis de châtaignes d'eau, colonies d'utriculaires, radeaux à petit nénuphar)
- groupements amphibies annuels avec la laîche souchet (population dispersée), le scirpe de Sologne, le bident radié, le bident triparti, le bident penché, la patience maritime (très abondante), la renouée à feuilles de patience, la renoncule scélérate... Les formations amphibies sont particulièrement bien représentées lors des assecs, (comme en 2002 par exemple pour l'Etang du Perchois)
- groupement à grandes laîches et roselières (avec la laîche faux-souchet, le phragmite, la salicaire, la lysimaque vulgaire, la baldingère, la glycérie aquatique, le scirpe des lacs, le lycope d'Europe),
- saulaie et aulnaie.
La forêt environnante est une chênaie-charmaie mésotrophe semi-hygrophile représentative du massif de Chaource, avec dans la strate arborescente, le chêne sessile et le chêne rouvre, le merisier, le charme, le frêne et quelques hêtres, une state arbustive caractérisée par le houx, le noisetier et le cornouiller monogyne et une strate herbacée mésotrophe typique à aspérule des bois, oxalis petite oseille et fougères variées.
Plusieurs espèces végétales rares dans le département de l'Aube se rencontrent ici, en particulier certaines mousses et sphaignes, ainsi que le scirpe de Sologne, la laîche souchet, la châtaigne d'eau et une plante carnivore, l'utriculaire vulgaire (figurant tous les quatre sur la liste rouge des végétaux menacés en Champagne-Ardenne), le bident radié, la véronique à écussons, le petit nénuphar, la patience maritime…
Le site est en bon état.
La délimitation de la ZNIEFF suit les contours des étangs et de leurs environs proches.